Il est nommé en 2005 curé de la paroisse de Vénissieux, ancienne paroisse du père Antoine Chevrier, dans un quartier très populaire avec une importante population d'origine étrangère.
À Lyon, le père Éric Jacquinet a fondé SOS-Prière Lyon (service catholique d'écoute et prière au téléphone)[3] et à la suite de l'accompagnement de soignants, coécrit un livre sur la compassion.
Éric Jacquinet a mené pendant plusieurs années un travail de recherche et d'accompagnement pour les divorcés remariés dans l'Église, aboutissant notamment à la création de parcours à Paray-le-Monial pendant les sessions d'été, à l'écriture d'un livre[4]. Sur ce sujet, il a participé à la création de Miséricorde et vérité, un groupe de travail regroupant des laïcs, des prêtres, des évêques dans la suite du travail du père Jacques Nourrissat.
Depuis 2012, après avoir accueilli plusieurs personnes concernées, il anime un groupe de travail sur les addictions à la pornographie qui a abouti en à la publication d'un parcours pour sortir de l'addiction sexuelle et à des conférences partout en France[5].
