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Émery Lavigne naquit sous le nom de Tessier, par son père Moïse Tessier et de sa mère Marie-Flore David. Émery Lavigne est le jeune frère d'Ernest Lavigne et d'Arthur Lavigne. Il fut l'élève de Romain-Octave Pelletier l'Ancien. En 1877, il fit un voyage à Paris. De retour au Québec, il se marie en 1878 avec Elisabeth Plante, née en 1855, décédée en 1926. Ils auront une fille, Léontine Lavigne (1879-1938).
Il fut nommé organiste de l'église Saint John d'Oswego, dans l'État de New York, fonction qu'il exerça durant cinq ans.