Les premiers colons arrivés dans la région sont des descendants d'immigrants italiens venus du Rio Grande do Sul. Ils s'y installent dans les années 1950[6].
En 1957, la localité devient district de Chapecó avant d'être rattachée à la municipalité de Coronel Freitas en 1961. La localité porte alors le nom de Cairu.
En 1975, le district prend le nom d'Águas Frias et devient municipalité à part entière le [7].
Origine du nom
En arrivant dans la région, les premiers habitants d'Águas Frias y trouvent une source d'eau gelée ce qui vaut son nom à la localité (águas frias signifie « eaux froides » en français)[6].
Économie et tourisme
L'agriculture représente plus de 90 % de l'activité économique de la municipalité, notamment à travers les cultures du haricot, du riz, du soja, du maïs et du tabac.