Reconverti au poste d'entraîneur à la fin de sa carrière, il succéda à Branko Ivanković au Dinamo Zagreb le . Après avoir remporté le doublé Coupe - Championnat, il donna sa démission le lendemain de la finale de la Coupe ; son successeur ne fut autre que Branko Ivanković. Il fut ensuite l'entraineur du 1. FC Cologne en 2009. Mais il fut licencié à sa deuxième saision en tant qu'entraineur au bout de 9 journées après le début de saison catastrophique de son équipe (avant-dernier avec 1v. 2n. et 6d.)
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