Zbigniew Preisner fait des études d'histoire et de philosophie à Cracovie. Il est complètement autodidacte en musique, n'ayant jamais reçu de formation scolaire dans ce domaine. Son style est surtout romantique, et il reconnaît en Jean Sibelius une de ses sources[1].
Il acquit une notoriété particulière du fait de sa collaboration avec le cinéaste polonais Krzysztof Kieślowski, en mémoire duquel il publie une œuvre non destinée au cinéma en 1998, Requiem dla mojego przyjaciela (Requiem pour mon ami), méditation en musique sur la mort et l'espérance chrétienne en l'au-delà, dans des thèmes musicaux qui s'inspirent des traditions de la musique religieuse occidentale et orientale[1]. Il semble qu'à l'origine de ce mémorial, il y a un projet cinématographique commun des deux hommes, qui ne vit pas le jour du fait du décès de Kieślowski. La chanteuse soprano polonaise Elżbieta Towarnicka qui chante dans Requiem pour mon ami est aussi celle avec laquelle Zbigniew Preisner fait tous ses enregistrements de soprano dans toute sa musique.
Il compose le thème musical de People's Century, un documentaire monumental de 26 parties réalisé conjointement en 1994 par les chaines télévision de la BBC au Royaume-Uni et de PBS aux États-Unis.
Son projet le plus vaste pour orchestre, chœur et solistes, Silence, Night and Dreams, fondé sur des textes tirés du Livre de Job, sort le . À cette occasion, Zbigniew Preisner se produit en concert pour la première fois en France, le au Grand Rex.
La musique composée pour le film de Claude Miller, Un secret, a été citée aux Césars 2008.
En 2006, il collabore avec David Gilmour sur son troisième album solo On an Island sur lequel il fait les orchestrations de 9 des dix morceaux du disque. Deux ans plus tard, ils se retrouvent pour un concert donné à Gdansk, Zbigniew Preisner s'occupe des arrangements orchestraux et dirige l'orchestre, il est donc sur l'album et le DVD Live in Gdansk produit en 2008. Puis les deux musiciens se retrouvent en 2015 alors que Gilmour enregistre son quatrième album solo, Rattle That Lock, sur lequel Zbigniew s'occupe encore des orchestrations. Par la suite, David fera de nouveau appel à Zbigniew pour diriger le Wrocław Philharmonic Orchestra lors du concert donné à Pompeii, il figure donc sur l'album Live at Pompeii publié en 2017.