Wolfgang Perner est promu dans l'équipe nationale en 1991-1992. Il ne parvient pas à se qualifier pour les Jeux olympiques d'Albertville, mais signe déjà ses premiers podiums en fin de saison, dont une victoire à l'individuel de Novossibirsk. Il obtient le meilleur classement général de sa carrière cet hiver avec le 14e rang. Il se blesse ensuite au tendon et n'obtient pas de résultats équivalents à ceux de 1992, malgré une huitième place au sprint des Championnats du monde 1993. Il participe tout de même aux Jeux olympiques de Lillehammer en 1994.
Il obtient son podium suivant en , en gagnant, encore à Novossibirsk, la mass start, nouveau format à l'époque, disputé pour la première et unique fois de l'histoire de la coupe du monde de biathlon sur une distance de 10 km[1].
Cinq ans s'écoulent jusqu'aux Jeux olympiques de Salt Lake City, où il remporte la médaille de bronze sur le sprint derrière Ole Einar Bjørndalen et Sven Fischer, devenant le premier autrichien médaillé olympique de biathlon[2].
Impliqué dans un scandale de dopage aux Jeux olympiques de 2006 à Turin, il est exclu à vie en 2007 par la Fédération autrichienne de ski[3].
Il décède le , à la suite d'une longue maladie. Ses deux enfants et sa femme lui survivent[4].
