Après son ordination, William McNaughton est envoyé étudier la langue coréenne à l'université Yale, puis il part pour la Corée et travaille comme vicaire à Chungbuk. Il sert plus tard au conseil épiscopal du diocèse de Cheongju. Il sert aussi comme vicaire général de ce diocèse en 1959-1960. Le , lorsque le nouveau vicariat apostolique d'Incheon est érigé, c'est McNaughton qui en est nommé à la tête. Il est nommé par le Saint-Siège évêque titulaire (in partibus) de Thuburbo Minus.
Il n'a que 34 ans.
Mgr McNaughton occupe plusieurs positions au sein de la conférence épiscopale de Corée. Il en est le secrétaire de 1965 à 1981, et il est président de la commission liturgique de 1965 à 1970. Il est membre de la commission œcuménique de 1970 à 1973 et il la préside de 1973 à 1978. Ensuite il est président de la commission de la catéchèse, jusqu'en 1984. De 1978 à 2002, Mgr McNaughton est membre de la commission pour le clergé et les religieux.
Sous son épiscopat, le nombre de baptisés catholiques augmente de manière exponentielle, passant de près de 55 000 en 1970 à près de 364 000 en 2002 ; les prêtres passent de 29 à 167 et les paroisses de 17 à 81[1].
Le pape Jean-Paul II accepte sa démission pour raison d'âge le . Il a passé presque quarante-et-un ans à la tête de son diocèse. Il rentre passer sa retraite dans son pays natal.
