Schöttl rejoint le parti nazi en avant de renouveler son adhésion en , après avoir rejoint les SS en . Au sein de la Waffen-SS, il atteindra le rang de SS-Obersturmführer en 1942.
En 1933, il travaille comme garde au camp de concentration de Dachau. Durant l'été 1937, il devient directeur national du Lindenhofs der Herzogsägmühle, une installation pour voyageurs. À partir de 1940, il travaille un court laps de temps dans le ghetto de Lublin, dans le camp de concentration de Neuengamme, ainsi que dans le camp de concentration de Majdanek. De jusqu'à son évacuation en , Schöttl était le directeur du camp de concentration de Monowitz-Buna, connu sous le nom de camp de concentration d'Auschwitz III. À partir du , Vinzenz Schöttl devient commandant adjoint du camp de concentration de Kaufering,sous-camp de Dachau, sous la direction d'Otto Förschner. Il garde ce poste jusqu'à son évacuation à la fin du mois d'avril.
Schöttl est capturé par l'United States Army et il est inculpé le pour crimes de guerre dans le cadre du procès de Dachau. Le , il est condamné à mort par pendaison pour mauvais traitements infligés aux prisonniers et meurtre d'un détenu. Il est exécuté dans la prison de Landsberg le .
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