Créée sur une suggestion de MacArthur (après une première recommandation des services militaires de renseignement américains), cette structure résultait de la menace japonaise qui se précisait, de la concentration des troupes américaines d'Orient quasi uniquement aux Philippines et de la nécessité d'organiser et de former les troupes philippines et défendre l'archipel.
Au , l'USAFFE comptait 31 000 hommes, 28 591 engagés dont 12 000 Philippins ainsi que 291 avions de combat (dont 121 périmés) au .
Elle a participé à la bataille des Philippines et a été contrainte de se replier après l'offensive japonaise de , et une partie de ses membres rejoignit la résistance armée.