La 3e flotte a été initialement créée le sous le commandement de l'amiral William F. Halsey et a servi pendant la Guerre dans le Pacifique. Elle a été mise en réserve le .
La 3e flotte a été réactivée à Pearl Harbor le dans le cadre d'une réorganisation de la Flotte du Pacifique américaine, la flotte reprenant les fonctions de la Première flotte des États-Unis et des forces sous-marines américaines du Pacifique.