Sa carrière est temporairement perturbée par un malheur de mer. Alors qu’il commandait la corvette à vapeurCuvier, une combustion spontanée se déclenche accidentellement dans une soute à charbon du navire dans la nuit du 23 au en Méditerranée. Aucun effort ne parvenant à maîtriser l’incendie, le navire en proie aux flammes doit se jeter le 24 à la côte de Majorque pour sauver l’équipage. Il achève de brûler et de couler bas le 25 à Porto-di-Campos près de Palma[3]. Déféré devant un conseil de guerre à Toulon pour répondre de la perte du vaisseau et de sa conduite dans cet événement[4], le commandant Aubry-Bailleul bénéficie d’un « verdict d’acquittement honorable » rendu par ses pairs[5].
Le capitaine de vaisseau Aubry-Bailleul est nommé gouverneur de la Guadeloupe en remplacement du colonel Fiéron par un décret présidentiel du [6]. Entré en fonction le , il transmet l’intérim de ses pouvoirs au commissaire général ordonnateur Guillet le . Dans l’intervalle, il se fait remarquer par la fermeté de sa politique de maintien de l’ordre public[7]. Il contrôle sévèrement la presse insulaire et supervise le procès politique intenté contre l'indépendantiste Marie-Léonard Sénécal[8].
Après son retour en métropole, Tranquille Aubry-Bailleul est nommé membre titulaire du Conseil d'amirauté le [9], et siège au sein de cette instance supérieure jusqu’à sa mort. Il est élevé au grade de contre-amiral le , et occupe les fonctions de major général de la Marine à Toulon en 1858[10].
↑Recueil complet des actes du gouvernement provisoire (février, mars, avril, mai 1848), Paris, 1848, p.89.
↑L'Ami de la religion, journal ecclésiastique, politique et littéraire, Volume 137, 1848, p.60.
↑Bulletin officiel de la Guadeloupe contenant les actes du gouvernement de la colonie et de ses dépendances pendant l’année 1851, Basse-Terre, 1852, p.586.
↑Armand Fouquier, Annuaire historique universel ou Histoire politique pour 1851, Paris, 1853, p.440.
↑Nelly Schmidt, Abolitionnistes de l'esclavage et réformateurs des colonies, 1820-1851, Karthala, 2000, p.386.