L'histoire de Torrelobatón débute probablement à l'âge du fer, avec la fondation d'une colonie dans une zone nommée El Pago de Grimata. Plusieurs historiens affirment que des siècles plus tard, sur le territoire de Torrelobatón fut fondée une ville romaine nommée Amallóbriga.
Après la défaite des comuneros à la bataille de Tordesillas, Juan de Padilla souhaitait obtenir un triomphe rapide pour remonter le moral des troupes et du mouvement comunero tout entier. C'est alors que fut prise la décision de prendre Torrelobatón et son château. Le commence l’assaut et quatre jours plus tard les comuneros parviennent à entrer dans la ville et se livrent à un pillage auquel seules les églises échapperont. Le château continua de résister mais face à la menace de pendre tous les habitants s'il ne se rendait pas, ses occupants se virent obligés à capituler, après avoir négocié la conservation de la moitié des biens que contenait le château.
Torrelobatón fut le dernier lieu par lequel passèrent les comuneros avant leur départ pour Toro, le matin du , mais l'armée impériale les rejoignit au niveau de Villalar, donnant lieu à la bataille du même nom, qui se termina par la victoire de Charles Quint.
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