Bakens évolue au poste de défenseur central. Il fait ses débuts dans le football professionnel, en intégrant l'équipe de De Graafschap lors de la saison 2001-02. Il rejoint le FC Volendam en provenance du RKC Waalwijk en 2008.
Il rejoint ensuite le Sparta Rotterdam en . En , Bakens quitte le Sparta après un conflit avec son entraîneur à propos de la façon de travailler[réf. nécessaire]. En , il signe en faveur du FC Volendam jusqu'à la fin de la saison.
À la fin de la saison, il quitte son pays natal et signe dans le championnat suisse, au FC St Gall. Après deux saisons, Bakens retourne dans son pays natal en s'engageant en faveur du Cambuur Leeuwarden, avec laquelle il est promu en Eredivisie. Toutefois, il décide de quitter le champion de D2 et de devenir "agent libre".
En , il signe un contrat d'un an avec son ancienne équipe, De Graafschap, qui joue en seconde division néerlandaise. En , Bakens prend sa retraite professionnelle en raison d'une blessure chronique à la hanche.
