Né à Carlingford en Irlande le , il émigra aux États-Unis en 1843 à l'âge de dix-sept ans. Il fut bientôt engagé au journal de Patrick Donahoe, un journal catholique de Boston au Massachusetts appelé le Boston Pilot. Quelques années plus tard, il revint en Irlande où il commença sa vie politique, devenant éditeur pour le journal nationaliste Nation. Son appui aux Féniens, avant-coureurs du Sinn Féin, et son implication dans le soulèvement armé de Tipperary en 1848 résulta en son arrestation. McGee s'échappa du pays et revint aux États-Unis.
Aux États-Unis, il trouva des publications irlando-américaines à New York et à Boston, et appuya généralement la cause des immigrants. En 1857, il partit pour le Canada où il établit la revue New Era à Montréal au Québec. Politiquement actif, il réaffirma ses sentiments anti-britanniques dans sa revendication en faveur de l'indépendance canadienne du Royaume-Uni.
Carrière politique
En 1858, il fut élu à l'Assemblée législative du Canada où il travailla pour la création d'un Canada indépendant.
Ne modérant pas ses opinions radicales irlandaises, McGee dénonça la fraternité fénienne en Amérique qui souhaitait envahir le Canada à partir des États-Unis. Une partie des féniens américains envoya une armée d'invasion en 1866 qui fut repoussée et arrêtée par les autorités américaines. Les Canadiens durent vivre dans la crainte d'une invasion fénienne plus grande que la dernière pendant plusieurs années.
Le , à l'âge de 42 ans, six jours avant son 43e anniversaire, D'Arcy McGee fut assassiné à Ottawa, en Ontario, par le tailleur irlandais Patrick James Whelan, un sympathisant fénien. Celui-ci fut déclaré coupable le [1]. Jusqu'à la fin, Whelan jura de son innocence dans cette affaire. Il fut cependant pendu le [2]. Sa culpabilité fait aujourd'hui l'objet d'un débat d'historiens et son cas a été dramatisé dans la pièce de théâtre Blood On The Moon. Le chanteur Alex Sinclair a écrit la chanson Hangman's Eyes à propos de Whelan. Ce meurtre figure comme l'un des rares cas d'assassinats politiques dans l'histoire canadienne et le seul au niveau fédéral.
L'édifice Thomas D'Arcy McGee du gouvernement fédéral est situé près du lieu de l'assassinat.