Le père de Theo Mackebens est fonctionnaire de l'armée prussienne et directeur de l'administration de la garnison de Starogard Gdański, actuellement en Pologne. Après avoir été diplômé de l'école secondaire de Coblence, de 1916 à 1920, Mackeben étudie le violon et le piano à la Hochschule für Musik de Cologne, puis à Varsovie, tout en prenant des leçons de Jules de Westheim. Il se produit ensuite, dans les années 1920 comme pianiste de radio et de café, notamment au Café Größenwahn où il accompagne la chanteuse Rosa Valetti et à l'Hôtel Esplanade de Berlin, avec l'orchestre de danse de Barnabás von Géczy.
En 1928, au Theater am Schiffbauerdamm, il dirige la création de Dreigroschenoper. Il arrange la musique de l'opérette de Carl MillöckerGräfin Dubarry, pour une production de 1931 intitulée Die Dubarry.
Dans les années 1930, il compose la musique pour des pièces de théâtre et pour plus de 50 films, dont certains de Max Ophüls, Gustaf Gründgens et Willi Forst. Il écrit en 1938 la musique de l'opérette Anita und der Teufel d'où est extrait un thème qui deviendra célèbre Bei dir war es immer so schön.
À l'époque du national-socialisme, Mackeben écrit de la musique de films de divertissement, mais aussi la bande originale de films de propagande comme Ohm Krüger, dénonçant le colonialisme anglais en Afrique du Sud.
Après la guerre, il écrit un concerto pour piano et une ballade symphonique pour violoncelle et orchestre, tout en étant également chef d'orchestre au Komische Oper Berlin.
