En 1877, la mairie de Milan décide d'agrandir l'actuelle piazza Missori en démolissant une grande partie de la basilique de San Giovanni in Conca. Ce qu'il en reste est confiée en 1879, à l'Église évangélique vaudoise en 1879. Une nouvelle façade est alors édifiée en style néo-roman par l'architecte Angelo Colla[2]. Le temple est inauguré le . Le clocher de la basilique est démoli en 1885.
Après-guerre, les "exigences essentielles de viabilité" condamnent le bâtiment, qui est démoli entre 1948 et 1952 pour percer l'axe routier de la via Albricci-piazza Missori. De l'ancienne basilique, une partie seulement de l'abside et de la crypte sont sauvegardées. La communauté vaudoise construit un nouveau lieu de culte le long de la via Francesco Sforza entre 1940 et 1952, en remontant la façade du XIXe siècle de leur temple[3].