Il est le fils de George Bean et de Mary née Smith. Il obtient son titre d’ingénieur à l’école normale de Millersville en Pennsylvanie en 1866, puis son Medical Doctorat à l’université Columbian (aujourd’hui George Washington) en 1876, enfin un Master of Sciences à l’université d’Indiana en 1883.
Bean se marie avec Laurette H. Van Hook le . Il est conservateur du département des poissons du National Museum of Natural History de Washington de 1880 à 1895. Il dirige l’aquarium de New York de 1895 à 1898. Il participe aux travaux de la commission des pêches du gouvernement américain à partir de 1892 et devient, à partir de 1906, responsable des élevages de poissons pour l’État de New York.
Outre ses participations à des ouvrages collectifs comme The White World (1902) ou The Basses, Fresh-Water and Marine (1905), on lui doit de nombreuses publications sur l’élevage des poissons et est l’initiateur des premières mesures de protection des poissons des États-Unis d'Amérique.
Il aide son frère, Barton Appler Bean (1860-1947), a entrer comme assistant conservateur ichtyologie au Muséum de Washington.
Allen G. Debus (dir.) (1968). World Who’s Who in Science. A Biographical Dictionary of Notable Scientists from Antiquity to the Present. Marquis-Who’s Who (Chicago) : xvi + 1855 p.