Au terme de ses études, elle prend la direction d'Astellas Pharma, une entreprise pharmaceutique[2], en plus d'un poste de professeure à l'université de Tokyo[3].
Ebata se déclare opposée à une révision de la Constitution antimilitariste japonaise, révision soutenue par le Parti libéral-démocrate[1]. Elle est également fermement opposée aux politiques Abenomics[1].
Fortement opposée à la reprise des activités des centrales nucléaires japonaises, elle lutte contre l'utilisation de l'énergie nucléaire, qu'elle soit militaire ou civile[1].
Ebata se déclare strictement opposée à la visite des politiques au sanctuaire Yasukini, sanctuaire shinto, considéré par certains comme l'un des symboles du passé colonialiste du Japon et des nationalistes[3]. Elle estime également qu'il ne faut pas revenir sur la déclaration Murayama, exprimant des excuses officielles du Japon pour les souffrances qu'il a infligées lors du XXe siècle[3]. Enfin, elle milite pour un rapprochement avec la Chine[9].
