Le terminal cessa ses opérations en octobre 2001[3], à la suite de la dégradation financière de TWA depuis les années 1990 et son rachat par American Airlines la même année.
Le terminal fut ensuite inoccupé, seulement ouvert au public lors de quelques expositions ponctuelles, dont la performance VB54 Terminal 5 de Vanessa Beecroft en 2004. Son architecture et sa conception, révolutionnaires pour l'époque, le rendent cependant inadapté aux nouvelles contraintes de sécurité mises en place après les attentats du 11 septembre 2001.
La compagnie aérienneJetBlue Airways, qui occupa le terminal 6 de l'aéroport, commença en décembre 2005 la construction d'un nouveau terminal 5 afin de s'y transférer. Le projet initial prévoyait de réaménager le TWA Flight Center comme porte d'entrée du nouveau bâtiment. L'inauguration de ce nouveau terminal 5 eut lieu le [4], sans que l'aménagement du TWA Flight Center soit concrétisé.
Le , le gouverneur de l'État de New YorkAndrew Cuomo annonça la transformation du TWA Flight Center en un hôtel[5]. Le projet aboutit, et le TWA Flight Center abrite désormais le TWA Hotel(en), un hôtel de 505 chambres qui fut inauguré le .
Le TWA Hotel(en) utilise l'entrée du TWA Flight Center. Photo février 2020.
Dans la culture
Le TWA Flight Center est apparu dans de nombreux films :
Deuxième épisode de la saison 3 de Columbo intitulé Quand le vin est tiré (1973)
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