Le SNPDEN a été fondé en 1992 au sein de la Fédération de l'Éducation nationale par la fusion du SNPDES (personnels de direction de l'enseignement secondaire, créé en 1962 par regroupement de 4 organisations catégorielles) et du SNPDLP (proviseurs de lycées professionnels, créé en 1966 sous le nom de SNDCET, syndicat national des directeurs de collèges d'enseignement technique).
Il a organisé deux manifestations importantes qui ont regroupé à Paris l'une 6 000 personnels de direction (), l'autre 4 500, le .
Ce syndicat s'est construit autour de la création et de l'amélioration du statut des personnels de direction de l'Éducation nationale (statut Monory de 1988) ; il l'a revendiqué et fait évoluer par son action permanente : accords avec Lionel Jospin (1990), Jack Lang (1993), François Bayrou (1995), Jack Lang (2000), Gilles de Robien (2007).
Représentativité
Le SNPDEN revendique près de 10 000 adhérents et a obtenu, en 2011, 67,61 % des voix aux élections paritaires des personnels de direction (commission administrative paritaire nationale). Aux élections à la CAPN de , le SNPDEN obtient 66,61 % des voix[1]. Il dispose de 8 sièges sur 11 à la CAPN[2]. Les deux autres organisations siégeant à la CAPN sont le syndicat « Indépendance et Direction » (créé en 2002 par regroupement d'autres organisations au sein de la FAEN) affilié depuis 2012 à FO, et le Syndicat général de l'Éducation nationale CFDT (SGEN-CFDT).
Secrétaires généraux
Les secrétaires généraux successifs du SNPDEN ont été Marcel Peytavi (1992-1996 sauf août/), Robert Bourgeois (août/), Jean-Jacques Romero (1996-2002), Philippe Guittet (2002-2009). Philippe Tournier[3], (2009-2018), Philippe Vincent (2018-2021). Le secrétaire général du SNPDEN en exercice est Bruno Bobkiewicz (élu lors du Congrès de ), proviseur du collège-lycée Buffon à Paris.