Le jeu est divisé en trois épisodes. Le Dr Wily a découvert un ancien superordinateurextraterrestre nommé Ra Moon caché dans les ruines de l'Amazonie, qu'il utilise pour faire revivre ses différents robots de Mega Man 2 et 3. Les ruines sont en quelque sorte capables de stopper presque toutes les machines et l'électricité du monde, provoquant également des effets délétères sur les robots au moyen d'une fréquence de brouillage micro-ondes brutale et envahissante qui s'est soudainement propagée après l'activation de Ra Moon. Roll est rapidement affecté, ainsi le DrLight immunise Mega Man et ses frères, et les envoie pour arrêter le Dr Wily avant qu'il ne soit trop tard.
L'artiste et producteur de Mega ManKeiji Inafune, prétend que Super Adventure Rockman a été développé à une époque où Capcom tentait de diversifier la série en « la vendant au plus bas enchérisseur ». Bien qu'il ait eu peu d'implication dans le jeu, il est rentre dans l'équipe pour le finaliser quand que le chef de projet le déserte soudainement[2]. Inafune déclare : « La règle tacite ultime concernant la création d'un jeu orienté vers les enfants est que vous ne pouvez tout simplement tuer personne, mais ici vous avez des hélicoptères militaires qui tombent du ciel et des gens qui meurent en masse. Pour moi, j'aurais au moins fait en sorte qu'ils soient sauvés par des parachutes ou quelque chose comme ça... Puis, comme si cela ne suffisait pas, Roll meurt ... et pour couronner le tout, le monde entier est détruit Je me disais : Est-ce qu'ils avaient vraiment besoin d'aller aussi loin ? »[2].
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Super Adventure Rockman est mal accueilli par la presse spécialisée[3],[4],[1].
