Ce square est sur l'emplacement d'une ancienne prison pour dettes dont l'entrée s'effectuait rue de Clichy. Victor Hugo y fut enfermé et la légende raconte même que Louis XVI s'y serait réfugié en fuyant Paris, pour changer de calèche. La prison devint un orphelinat au milieu du XIXe siècle, devenu depuis le collège-lycée Saint-Louis, fermé depuis . Le square Moncey fut créé en 1842 et, en 1904, furent construits les immeubles sous forme d'un lotissement pour familles bourgeoises. Émile Zola y aurait vécu quelques mois.
Au fond du square, on peut apercevoir de grands arbres centenaires, des restes de l'ancien Tivoli et autres parcs et jardins qui occupaient autrefois le quartier. Un bout de ces jardins est partagé entre les locaux de la Société des auteurs et compositeurs dramatiques (SACD) et le Cercle des Aveugles de Guerre, devenu depuis 2011 un centre spécialisé dans la maladie d'Alzheimer.