Le SC Magdebourg a pris la suite de nombreux clubs sportifs fondés pour certains dès la fin du XIXe siècle. Après la réorganisation du sport ordonnée par les autorités politiques de la République démocratique allemande, le Sportclub Aufbau Magdebourg est créé en 1955, et devient le plus important club sportif de la ville. Il compte alors cinq sections : handball, natation, water-polo, gymnastique artistique et… sports d’hiver (section délocalisée à Klingenthal). Les licenciés du SCM ont rapporté à la RDA puis à l’Allemagne réunifiée de très nombreuses médailles dans toutes les compétitions internationales, dont plus d’une soixantaine aux jeux olympiques (6 en 1976, 11 en 1980, 8 en 1992, 7 en 1996 par exemple).
Avec le handball, la section canoë-kayak du SC Magdebourg, créée en 1956, est l’une des plus glorieuses car elle a vu passer de nombreux médaillés olympiques de la discipline comme Günter Perleberg, champion olympique aux Jeux de Rome en 1960 sur le relais 4 × 500 m. Olaf Heukrodt fut médaillé d’or en canoë monoplace 500m et médaillé d’argent en 1000 m biplace en 1988 à Séoul. En 2008, aux Jeux de Pékin, Andreas Ihle et Conny Waßmuth remportent l’or en kayak biplace 1 000 mètres, tandis que Fanny Fischer, Nicole Reinhardt, Katrin Wagner-Augustin et Conny Waßmuth s’imposent en kayak K4 500 m.
Le club intègre la section football du Motor Mitte Magdebourg en qui prend le nom de SC Aufbau Magdebourg. Le , elle devient autonome sous le nom de 1. FC Magdebourg et quitte le giron du club omnisports.
La section natation est également fondée dès 1955. La première médaillée olympique du club fut Barbara Göbel, qui remporta le bronze sur 200 m aux JO de Rome en 1960. Kathleen Nord fut médaillée d’or sur 200 mètres papillon aux JO de 1988 à Séoul. L’un de ses fleurons contemporains est Antje Buschschulte, double championne du monde, triple championne d’Europe et cinq fois médaillée de bronze aux Jeux olympiques entre 1997 et 2006.
