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Malgré ses nombreux échecs, le docteur Eggman est bien décidé à conquérir le monde, et pour ce faire il a construit un deuxième Death Egg. Pour contrecarrer une nouvelle fois les plans du diabolique docteur, Tails a construit une fusée, le Lunar Fox, pour aller dans l'espace et détruire ce nouvel engin de mort. Seul problème : il ne peut y avoir qu'une seule personne dans la fusée. Pour déterminer qui sera celui qui partira dans l'espace, Sonic & Tails ont organisé un tournoi de combat dans lequel chacun des participants doit posséder une émeraude du chaos, et à la fin de chaque combat, le perdant doit remettre son émeraude à son adversaire. De cette manière, le grand gagnant possédera les 8 émeraudes du Chaos (au lieu de sept, dans les autres jeux Sonic) qui sont nécessaires à faire décoller la fusée et pourra battre Eggman une bonne fois pour toutes...
Système de jeu
Sonic the Fighters utilise la combinaison simple des 3 boutons (poing, pied et garde), de ce fait il est relativement rapide à prendre en main. De plus chacun des 8 personnages possède des capacités spéciales utilisées lorsque le joueur fait la bonne combinaison avec les boutons qui lui sont proposés.
