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Le jeu met en scène les Babylon Rogues, qui ont une rivalité avec la Team Sonic, puis Amy et Eggman.
Hero Story
Une nuit dans Metal City, Sonic, Tails et Knuckles (la Team Heroes) se baladent en ville à la recherche d'une Emeraude du Chaos. Alors qu'ils étaient sur le point de la trouver, trois faucons (Jet, Wave et Storm de la Team Babylon) sur des airboards sortent d'une banque et attrapent l'Emeraude du Chaos. La team Sonic alors décide de les poursuivre afin de récupérer l'émeraude. Sonic va s'interposer au milieu de leur chemin, et Knuckles frappe Storm qui tombe de sa planche. Alors que Tails examinait la planche, Sonic la prend puis improvise des manœuvres pour rattraper Jet. Storm, quant à lui, s'accroche à la planche de Wave. Jet, après avoir plongé sur Sonic finit par s'enfuir avec l'émeraude.
Metal City
Le lendemain, la team Sonic se promène de nouveau en ville quand ils voient une annonce d'Eggman qui parle d'un concours, EX grand prix mondial, sur airboards. Sonic ne semble pas intéressé mais quand il voit que Jet, Wave et Storm (la team Babylon) y participent, son attitude change du tout au tout et les trois compères décident de participer.
Splash Canyon
Une fois la course de Sonic terminée, le Team Sonic se dirige vers le lieu de la prochaine course: Splash Canyon. Là-bas, ils rencontrent Amy Rose, la "petite amie" de Sonic qui participe elle aussi au Grand Prix. Alors que Tails explique le fonctionnement de la planche extrême au plus grand mal de Knuckles, Wave les rejoint. Elle décide d'examiner la planche de Sonic avant de rire. Après l'avoir rendue à Tails elle s'en va. Amy est énervée. Le commentateur annonce le début de la deuxième course.
Egg Factory
En se promenant dans l'usine d'Eggman, Knuckles tombe nez-à-nez sur Storm. Ceux-ci se reconnaissent et veulent se frapper. Mais ils ratent leurs coups et cassent E-10000R qui passait alors. Comme le commentateur annonça la prochaine course, Knuckles et Storm décident de régler leurs comptes sur le circuit.
Green Cave
Sonic et Tails s'entrainent à faire des figures sur leurs extrêmes gears dans la caverne. D'un coup, Jet apparait et dit à Sonic qu'être rapide sur terre ne veut pas dire être rapide dans les airs. Il s'enfuit en riant, ce qui énerve Sonic. Tails plonge alors dans la déprime, et reconnait que Wave est meilleure mécanicienne que lui...
Sand Ruins
Après la victoire de Tails sur Wave, la Team Sonic se dirige vers le lieu de la cinquième et dernière course: Sand Ruins. Avec Jet, ils déposent chacun une Emeraude, qui pour rappel est le prix a payé pour participer. La course va commencer.
Juste avant la ligne d'arrivée, Sonic et Jet sont au coude à coude. Jet va perdre. C'est alors que Wave, cachée derrière une ruine appuie sur un bouton qui fait exploser la planche extrême de Sonic. Celui-ci tombe et Jet remporte le Grand Prix. Il va donc chercher les 7 Emeraudes pour les faire réagir avec sa boîte magique. Cette dernière projette un rayon dans le désert et fait apparaitre la cité volante des Babylon: Babylon Garden. Pendant que Jet reste stupéfait face à Babylon Garden, Eggman en profite pour lui voler sa boîte magique et partir vers Babylon Garden y chercher le trésor. Amy, voulant l'arrêter, s'accroche à l'engin volant d'Eggman. Tous les deux partent en direction de Babylon Garden.
Babylon Garden
La Team Sonic et la Team Babylon se sont lancés à la poursuite d'Eggman. Après l'avoir aperçu en contrebas, Sonic décide de le rattraper. Il part donc équipé d'une nouvelle planche, le Blue Star II. Il est alors rattrapé par Jet qui lui aussi veut arrêter Eggman. La dernière course de la Hero Story commence.
Après avoir battu Jet, Sonic retrouve Tails et Knuckles près d'un temple. Eggman est ici lui aussi, en compagnie de la boîte magique et de Amy. Afin de récupérer la boîte, Sonic crée une tornade emportant Eggman et Amy dans les airs. Sonic récupère la boîte magique de Jet et lui rend. Alors que la Team Sonic s'apprêtait à partir, Amy les rejoint en compagnie de Piko Piko Hammer, son marteau géant favori. Sonic est alors poursuivi par Amy qui lui en veut de l'avoir projetée dans les airs.
Babylon Story
Dans la soirée, Jet, Wave et Storm se reposent dans leur dirigeable. Jet est dans son bureau en train de regarder sa boîte magique, pensif. Il paraît qu'avec cette boîte, il pourrait faire ressortir Babylon Garden du désert où il avait été enfoui après que les Babyloniens eurent voulu récupérer le trésor du Jardin.
Il fut brusquement sorti de sa torpeur par Storm qui lui dit qu'ils ont un invité. Wave débarque à son tour en disant à Storm de frapper avant d'entrer. Elle dit ensuite à Jet que l'invité est Eggman. Storm voit alors la boîte de Jet, qui dit qu'il a hérité ça de son père. Storm et Wave commencent à se disputer et Eggman arrive. Il leur dit qu'il connaît un moyen d'activer leur boîte : les Emeraudes du Chaos. Eggman leur présente alors un hologramme de Sonic et lui dit que celui-ci sera en travers de sa route. Jet pense, ou plutôt sait, qu'il sera plus rapide que Sonic sur un airboard et c'est ainsi que commença la rivalité entre Sonic et Jet.
Night Chase
Cette course se passe la nuit avant l'annonce du Grand Prix, lorsque la Team Babylon essai d'échapper à la police dans Metal City.
Red Canyon
Sur le lieu de la deuxième course, Splash Canyon, Wave retrouve la Team Sonic en train de parler. Elle les interromp pour examiner la planche de Sonic et placer un détonateur en dessous. Elle rit, rend la planche à Tails et s'en va, ce qui va fortement agacer Amy.
Ice Factory
Storm arrive en catastrophe dans le bureau de Jet pour lui annoncer son élimination par Knuckles. Jet, furieux, va l'envoyer de nouveau dans l'usine d'Eggman chercher des indices sur le trésor de Babylon.
White Cave
Jet se repose dans la caverne en compagnie de Wave qui planifie la prochaine opération lorsqu'il entend Sonic et Tails s'entrainer. Aussitôt, il part les narguer, au désarroi de Wave qui décide elle aussi de partir.
Dark Desert
Storm rejoint Jet et Wave dans les ruines près du site de la dernière course, Sand Ruins. Il rapporte une puce holographique qui contient le journal intime d'Eggman. Ce dernier y annonce avoir trompé Jet pour pouvoir s'approprier le trésor de Babylon. Jet est furieux, mais il tient quand même à gagner face à la Team Sonic.
Sky Road
Alors que Sonic et Jet se sont lancés à la poursuite d'Eggman, Wave, Storm, Tails et Knuckles arrivent eux aussi sur Babylon Garden. Ils seront répérés par des robots et doivent fuir.
Après avoir retrouvé Jet, la Team Babylon se dirige vers l'entrée du temple. Il s'ouvre sous l'influence de la boîte magique de Jet. Ils arrivent alors dans un endroit très étrange, Digital Dimension. Là, ils se retrouveront face au gardien du trésor, Angélus. Entendant le cri du gardien, la Team Sonic décide d'aller aider tous les quatre Jet et ses amis. Ils passent in-extremis la porte qui se refermaient et se dirigent vers le gardien qu'ils doivent battre. Tous les sept vont alors se lancer dans la dernière course.
Babylon Guardian
Après avoir battu le gardien, Jet ouvre le coffre. Eggman les rejoint pour voler le trésor. Jet le lui donne. Lorsqu'Eggman s'aperçoit que ce n'est qu'un tapis, il s'évanouit car il n'en revient pas d'avoir monté toute cette histoire pour un tapis. Wave et Tails remarquent alors que le tapis est fait de la même matière que leurs planches extrêmes. Au contact de la boîte magique de Jet, le tapis vole.
Fin
Après être sortis de Babylon Garden, Sonic et Jet décident de partir chacun de leur côté en se promettant de se revoir dans une prochaine aventure.
Système de jeu
Modes de Jeu
Le jeu dispose de plusieurs modes de jeu :
course libre, où le joueur a le choix entre une course libre, un contre-la-montre et un World Grand Prix ;
mode histoire (voir scénario au-dessus) ;
mode missions: ce mode se débloque après avoir fini la Hero Story. Les missions se déroulent sur les circuits du jeu. Il y en a 5 par circuit ;
mode équipe: ce mode se joue à deux joueurs minimum qui se relaient au tour à tour ;
mode survie: le joueur fait la course sur un circuit en essayant de conserver son Emeraude ou il fait un combat dans une des trois arènes du jeu (Dual Tower, Snow Valley ou Space Theater) ;
magasin : le « black market » tenu par un chao masqué propose d'acheter avec un certain nombre de rings de nouvelles planches extrêmes, de nouveaux patins extrêmes ou de nouvelles motos extrêmes possédant des capacités différentes.
