Soňa Mihoková effectue sa première saison au niveau international en 1993-1994 et prend part aux Jeux olympiques de Lillehammer, où elle est douzième du sprint. La saison suivante, elle obtient plusieurs quatrièmes places dans des courses individuelles, dont une au sprint des Championnats du monde à Antholz et finit 14e du général, son meilleur classement en Coupe du monde.
Elle compte deux podiums à son actif tous obtenus durant la saison 1995-1996, avec une troisième place sur l'individuel d'Holmenkollen et une victoire sur le sprint d'Hochfilzen.
Elle obtient la quatrième place du sprint et du relais aux Jeux olympiques 1998.
En 2000, elle est championne d'Europe de relais et en 2006, elle remporte une deuxième médaille aux Championnats d'Europe, en bronze sur l'individuel.
Elle prend sa retraite sportive en 2007.
