Dans l'enceinte du parc naturel on dénombre environ 124 espèces de plantes[3],[4], dont 28 sont des espèces (ou sous-espèces) endémiques. La plus remarquable est Limonium lobinii (carqueja de Santiago), endémique de la Serra Malagueta.
Cette flore est confrontée à plusieurs menaces, tout d'abord la concurrence d'espèces envahissantes en provenance de l'extérieur du parc, telles que Lantana camara (lantuna) et Furcraea foetida (carrapato), d'autre part l'utilisation qui en est faite par la population locale (bois de chauffage et applications médicinales). Un équilibre doit donc être sans cesse trouvé entre la préservation de la biodiversité et les besoins de la population[3],[4].
↑ abc et d(en) Isildo Gomes et al., Endemic plants and indigenous trees of the Cape Verde islands, Ministry of Environment, Agriculture and Fishery and the Projects « Conservation and Exploration of the Natural Resources on the Island Fogo » (Deutsche Gesellschaft für Technische Zusammenarbeitand) and « Conservation of Biodiversity », 2003