L'endroit fut dénommé Seba, qui signifie « laver un cheval », quand un vieux domestique de Minamoto no Yoshinaka lava le cheval de son maître dans les eaux de la rivière. L'étape de Seba-juku fut établie en 1614 avec Shiojiri-juku et Motoyama-juku pour s'adapter aux changements du Nakasendō.