Le sanctuaire est présenté comme relevant d’un vœu fait en 1945 de l’évêque de Trieste et Capodistria, Antonio Santin(it), en poste depuis 1938. Celui-ci aurait fait la promesse le de construire une église dédiée à Marie si la ville de Trieste n’était pas détruite lors de sa reconquête à l’Allemagne nazie par les forces des Alliés[3]. La ville a été reprise le lendemain par la IVe armée yougoslave des Partisans, renforcée le jour suivant de la 2e division néo-zélandaise, sans grandes destructions. La première proposition d’un sanctuaire d’importance nationale est effectuée en 1948 par le prêtre Giovanni Strazzacappa dans la revue Settimana del Clero[3], qu’il avait fondé deux ans auparavant[4]. L’idée continue de faire son chemin.
En 1959 se déroulent nombre d’évènements liés au placement de l’Italie sous le patronage du Cœur immaculé de Marie par la Conférence épiscopale italienne[2]. D’abord, un grand pèlerinage de la statue de la Vierge de Fátima est organisé sous la direction de Giovanni Strazzacappa dans toute l’Italie d’avril à septembre, pèlerinage qui s’achève à Trieste[5]. Ensuite, la consécration de l’Italie est officiellement proclamée le [5]. Enfin, la première pierre du sanctuaire d’importance nationale dédié à Marie « Mère et Reine » est posée le [3], demande d’Antonio Santin(it) au pape Jean XXIII[5]. L’allure du sanctuaire se base sur un croquis d’Antonio Santin(it)[3] ; l’ingérieur Antonio Guacci(d) est sélectionné[3].
Les travaux durent de 1963 à 1965[6], et il est inauguré le [5].