Après avoir rassemblé les pierres de la connaissance et ainsi établi sa Forteresse de la Solitude, Clark commence son apprentissage avec son père biologique Jor-El, mais refuse de continuer pour empêcher Smallville et ceux qui lui sont chers de périr à la suite de l'arrivée de la seconde pluie de météorite. Clark est privé de ses aptitudes kryptoniennes qu'il récupère quelque temps après car il est mourant à la suite de la balle qu'il a prise. Tout au long de la saison, Clark commence à s'éloigner de Lex, et de Lana avec qui il était en couple au début de la saison, surtout après le décès de son père Jonathan Kent, concourant alors pour le poste de sénateur du Kansas. Clark rencontre deux nouveaux héros de l'univers DC, Arthur Curry – aka Aquaman – et Victor Stone – aka Cyborg. La pluie de météorites a amené sur Terre, en plus des deux Kryptoniens en début de saison, l'intelligence artificielle Brainiac, créée sur Krypton et qui se fait passer pour Milton Fine, le professeur d'histoire de Clark. Son but : préparer l'arrivée du Général Zod.
Clark voit la Forteresse de Solitude se créer sous ses yeux. Une fois à l'intérieur, Jor-El lui dit qu'il ne peut pas retourner à Smallville car il doit se préparer à sauver la planète. Peu après, Chloé, qui s'est retrouvée elle aussi dans la forteresse, ne supporte pas la température polaire et s'effondre. Clark supplie alors Jor-El de le laisser s'en aller pour sauver Chloé du froid. Jor-El accepte à contrecœur, à la condition que Clark revienne obligatoirement avant le coucher du soleil. Pendant ce temps, deux kryptoniens sortent du vaisseau découvert par Lana et détruisent la ville, cherchant Kal-El de fond en comble.
Comme il n'est pas retourné à la Forteresse, Jor-El ôte ses pouvoirs à Clark, faisant de lui un humain normal. Heureux d'être enfin «normal», Clark poursuit une relation avec Lana, sans secrets. Lorsque Lana, Jonathan et Martha sont pris en otage par trois krypto-monstres, Clark doit trouver comment sauver sa famille sans ses pouvoirs. En fin de compte, Clark apprend que tout était orchestré par Lex, dans un effort pour tester les capacités de Clark. Il le frappe, mettant ainsi fin à leur amitié.
Chloé est avertie par Gabriel, un ancien journaliste de la Torche, qu'il va déclencher un missile et rayer tout Smallville de la carte à cause des bizarreries qui la caractérisent. Toujours privé de ses pouvoirs, Clark cherche à stopper Gabriel et finit par être tué. Jor-El, ayant pris possession du corps de Lionel, ressuscite Clark avec tous ses pouvoirs, lui permettant d'arrêter le missile, mais avec la conséquence que quelqu'un de cher à son cœur devra mourir.
Lorsque Loïs tombe inconsciente dans un lac, Clark tente de la sauver mais il est devancé par Arthur Curry, qui se révélera être Aquaman. Il est à Smallville pour empêcher Lex d'utiliser son arme, le Léviathan, qui détruirait toute vie marine à ses alentours. Entretemps, Milton Fine, le professeur d'histoire de Clark, lui propose un poste d'assistant pour l'aider à écrire un livre qui dénoncerait les méfaits de Lex.
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On remarque également qu'Aquaman propose à la fin de l'épisode à Clark de former une "association de maîtres nageurs" au vu de ses capacités terrestres et de l'équipe complémentaire qu'ils forment; il s'agit là d'une nouvelle référence à la future Ligue des Justiciers.
Clark ressent de la jalousie lorsque Arthur drague Lois, on peut en déduire qu'il commence à éprouver des sentiments pour elle de manière inconsciente.
Jonathan, Martha et Lionel n'apparaissent pas dans cet épisode.
Lana décide de s'inscrire à l'université de Metropolis à la dernière minute et se voit contrainte de rejoindre une sororité pour trouver un logement. Le leader parlementaire Buffy Sanders, et ses consœurs, lui offrent plus qu'un endroit où rester quand elles la transforment en vampire. Lex offre un antidote à Clark qui le donne à Lana, et LuthorCorp se révèle être connecté à des vampires. Chloé gagne un stage au Daily Planet.
Loïs, Lionel, Jonathan et Martha n'apparaissent pas dans cet épisode.
Le Projet 1138 développé par LuthorCorp pourrait être une référence au premier film du réalisateur George Lucas, créateur de la saga Star Wars où joue Carrie Fisher, présente dans cet épisode.
Le sénateur Jack Jennings, le plus vieil ami de Jonathan, arrive à la ferme des Kent pour obtenir de l'aide dans sa campagne pour une réélection. Après qu'une strip-teaseuse ait appelé Chloé et Loïs, qu'elle soit morte quelques minutes plus tard sous leurs yeux, et qu'elle se soit révélée être la maîtresse de Jennings, ce dernier est le suspect principal. Pour chercher des réponses, Chloé convainc Loïs de faire un numéro de strip-teaseuse, mais les choses prennent une tournure dangereuse lorsque Loïs est kidnappée par le fils d'un diplomate étranger, qui a l'intention de la vendre en esclavage...
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Dans cet épisode, la rencontre des deux vieux amis Jonathan Kent (John Schneider) et Jack Jennings (Tom Wopat) est un clin d'œil à la série Shérif, fais-moi peur où les deux acteurs tenaient le rôle des cousins Duke, respectivement Bo et Luke. De plus, le modèle de voiture que Jack Jennings utilise est une Dodge Charger, le même que la célèbre General Lee dans Shérif. Une autre référence est d'ailleurs placée au moment où Jack rentre dans la voiture par la fenêtre, prétextant qu'il n'a jamais pu ouvrir les portes, les personnages de Shérif font de même.
Emmanuel Jacomy doublait déjà Tom Wopat dans la série Shérif, fais-moi peur, est également la voix de Jor-El (interprété par Russell Crowe) dans le film Man of Steel mais aussi celle de Superman depuis Superman, l'Ange de Metropolis ainsi que toutes ses apparitions animées ou jeux vidéo sauf Justice League Unlimited, La légende des Super Héros, Mortal Kombat VS DC Universe et Injustice, les Dieux sont parmi nous.
Lana, Lionel et Martha n'apparaissent pas dans cet épisode.
Sur les faux-papiers, Lois apparaît comme Neill Margot. Noel Neill et Margot Kidder sont deux femmes qui ont joué le rôle de Lois Lane dans d'autres adaptations.
France : 3,5 millions de téléspectateurs (16,4 % de pda*)[2]
Résumé détaillé
Clark est exposé à une nouvelle sorte de Kryptonite, argentée, qui provoque chez lui des délires paranoïaques. Cette kryptonite lui fait croire que Chloé va révéler son secret, que Jonathan a intrigué contre lui avec Lionel et que Lex et Lana entretiennent une relation secrète. Chloé et les Kent recherchent désespérément un remède, mais c'est le professeur Fine qui vient au secours de Clark. Il prétend être un Kryptonien.
France : 3,3 millions de téléspectateurs (16,3 % de pda*)[2]
Résumé détaillé
Quand Martha contracte une étrange maladie, Clark se tourne vers le Professeur Fine, qui convainc Clark que Jor-El est le responsable de sa maladie. Fine convainc Clark que la seule manière de la sauver est de détruire la Forteresse de Solitude, le séparant définitivement de Jor-El. Une fois qu'ils arrivent tous les deux dans la forteresse, Fine se révèle être une intelligence artificielle créée par les Kryptoniens et tente de libérer Zod de la Zone Fantôme.
Le soir de Noël, Lex veut trouver ou créer des informations compromettantes contre Jonathan pour bouleverser sa candidature sénatoriale, quand il croise des jeunes qui lui tirent dessus, et il tombe dans le coma. Il est alors visité par le fantôme de sa mère. Elle lui montre une vie où il a renié son père, où il est marié à Lana et où ils attendent un deuxième enfant. Entretemps, interrompant Clark et le premier Noël qu'il passe avec Lana, Chloé le persuade de jouer au Père Noël, et de livrer les cadeaux aux enfants les moins fortunés.
France : 3,2 millions de téléspectateurs (15,1 % de pda*)[3]
Résumé détaillé
La vie de Jonathan est menacée par quelqu'un d'anonyme, qui le pousse à abandonner la course sénatoriale. Clark découvre que les partisans de Lex, principalement une dénommée Samantha Drake, sont déterminés à faire en sorte que Lex remporte les élections sénatoriales. Samantha tente ensuite de forcer Loïs à assassiner Jonathan pendant son discours au Sénat. À la fin de l'épisode, Lionel offre à Martha un peu d'argent en secret pour aider à la campagne de Jonathan, tandis que Lana estime que les réponses qu'elle cherche résident dans la première pluie de météorites.
France : 3,1 millions de téléspectateurs (15,1 % de pda*)[4]
Résumé détaillé
Deux policiers, dont l'un des deux est témoin de la venue des Kryptoniens dans la deuxième pluie de météorites, prennent Lex et Lana en otage et menacent de les tuer si Lex ne révèle pas où il a caché le vaisseau spatial. Il prend une balle destinée à Lana, et craignant qu'il ne saigne à mort, elle lui demande de dire aux agents l'emplacement du vaisseau. Clark découvre que Lana a fait des recherches sur le vaisseau avec Lex et craint qu'elle ne soit proche de la découverte de son secret.
Lorsque Lex lui avoue que le vaisseau s'est mystérieusement volatilisé il y a quelques semaines, Lana tente de négocier avec les policiers pour que Lex voit un docteur, mais ces derniers veulent d'abord voir le vaisseau, qui ne se trouve évidemment pas dans le hangar où il était auparavant. Une fois dans le hangar, la bombe prévue pour le vaisseau se déclenche accidentellement, mais Clark arrive à temps pour récupérer Lana, inconsciente sur les lieux. À la fin de l'épisode, Clark se rend compte que Lana s'éloigne peu à peu de lui, et Chloé lui répète qu'il devrait avouer son secret à cette dernière...
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Lionel n'apparaît pas dans cet épisode.
Le shérif Nancy Adams, interprétée par Camille Mitchell apparut à partir de la saison 2, fait ici sa dernière apparition dans la série, abattue par l'un des policiers.
France : 3,1 millions de téléspectateurs (15,2 % de pda*)[4]
Résumé détaillé
C’est Clark s'est enfin décidé à révéler son secret à Lana. Il l'emmène voir la Forteresse et la demande en mariage; elle accepte. Le père de Clark est ensuite élu sénateur du Kansas au détriment de Lex. Lana se fâche avec Lex, après que ce dernier a tenté de l'obliger à lui révéler le secret de Clark et prend la route quand un bus percute sa voiture et la tue sur le coup. Clark s'en veut de ne pas avoir pu la sauver et décide de retourner à la Forteresse parler à Jor-El, pour lui demander s'il y a quelque chose à faire pour faire revenir Lana. Il lui répond que s'il revient en arrière, il en subira les conséquences.
Retour un jour plus tôt, Lana vient chez Clark mais celui-ci ne lui révèle pas son secret pour la protéger. Elle se fâche, pensant qu'il lui ment encore, et préfère prendre ses distances. Clark explique à Chloé son retour du futur. Jonathan Kent est élu sénateur et Lana va voir Lex. Ce dernier l'embrasse et elle décide de partir de chez lui. Sur la route elle croise le même bus, mais cette fois-ci, Clark la sauve in-extremis. Mais pendant ce temps, Jonathan reçoit un coup de téléphone de Lionel Luthor qui lui demande de venir à la grange. Quand Lionel le menace de révéler une terrible chose à tout le monde si Jonathan ne lui rend pas ce qu'il lui a prêté, ce dernier le frappe et lui dit de ne plus venir. Ce coup est fatal pour Jonathan qui fait soudain une deuxième crise cardiaque et en meurt dans les bras de Clark et Martha. L'enterrement de Jonathan est douloureux mais tout le monde y est présent : Lana, Chloé, Lex, Lionel et Loïs. L'épisode se termine sur la scène vue par Clark lorsqu'il voit son avenir et qu'il voit la mort de quelqu'un de proche.
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Il s'agit du 100e épisode de la série.
Cet épisode est celui où John Schneider fait sa dernière apparition en tant que personnage régulier ; il ne réapparaîtra en tant que guest que à certaines occasions.
Le moment où Chloé demande à Clark s'il a fait tourner la terre à l'envers est une référence au film Superman, dans lequel celui-ci remonte le temps en faisant tourner la terre dans le sens inverse. De plus, elle l'appelle "McFly" quelques minutes plus tard lorsqu'il lui prouve qu'il a réellement remonté le temps, en référence au personnage principal du film Retour vers le futur.
Lorsque sa mère est agressée à Metropolis, Clark cherche à savoir qui lui a sauvé la vie. Il découvre qu'une nouvelle journaliste au Daily Planet, une femme nommée Andrea Rojas, est en fait un vengeur masqué qui combat le crime la nuit. Clark désirant récupérer la montre de son père, qu'ont dérobé les malfrats, s'allie temporairement avec elle pour les retrouver...
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Loïs n'apparaît pas dans cet épisode.
Lorsqu'elle écrit un article à propos d'Andrea et qu'elle lui cherche un nom, Chloé se propose de l'appeler Supergirl.
Quand Andrea a enlevé son costume et rejoint Clark et Chloé au Daily Planet, celui-ci lui fait une réflexion : "Tu te changes toujours dans les cabines téléphoniques ?" C'est une habitude que prendra Clark quand il se changera en Superman.
Un peu plus tard, quand Clark et Chloé sont de nouveau au Daily Planet, celle-ci lui demande s'il serait capable de faire comme Andrea, "être un journaliste anonyme le jour et combattre le crime la nuit", ce qui est un peu ce que fait Batman qui ne sort que la nuit.
Dans les comics Andrea Rojas est Acrata une super héroïne avec un symbole maya sur son costume. Mais dans ce cas là le personnage a été adapté et n'a pas les mêmes aptitudes ni la même histoire que Acrata.
L'esprit d'une jeune fille est libéré de sa tombe après que la foudre frappe un bracelet en kryptonite qu'elle portait. Clark trouve le cadavre dans les murs du Talon et l'esprit rentre dans le corps de Chloé après qu'elle a touché le bracelet de kryptonite. Clark suit les traces de l'esprit qui essaie de trouver son assassin qui tyrannisait les filles à Smallville des 10 dernières années. Quand Loïs est subitement kidnappée, Chloé va venir à son secours. Martha accepte de reprendre le poste de sénateur.
Un médecin relâche un être mi-humain, mi-machine du nom de Victor Stone, retenu captif et expérimenté par LuthorCorp. Clark devient ami avec Victor, après que ce dernier a accidentellement détruit la voiture de Lana, et lui promet de l'aider à retrouver sa petite amie, mais Lex piège Victor et le ramène à la LuthorCorp. Clark aide Victor à se libérer définitivement. Pendant ce temps, Martha est l'objet de chantage, et Lionel lui propose d'intervenir et de traiter avec le maître chanteur. Il est plus tard révélé que Lionel connaît le secret de Clark.
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Loïs n'apparaît pas dans cet épisode.
Cyborg est un personnage de DC comics.
A noter que Cyborg est doublé en français par Alexis Tomassian, le comédien qui doublait déjà Pete Ross dans les saisons précédentes.
Lex va chercher le professeur Fine dans la jungle du Honduras. Clark rencontre une belle séductrice prénommée Simone, qui hypnotise les gens afin de les utiliser à son gré. Clark, ensorcelé, lui révèle ses pouvoirs et celle-ci saisit l'occasion : après avoir forcé Clark à rompre avec Lana, elle lui demande de tuer Lex, qui détient des informations compromettantes sur elle. À la fin de l'épisode, Lana est prête à oublier ce que Clark a fait sous hypnose, mais celui-ci préfère mettre un terme à leur relation, à cause de son secret.
Chloé découvre que le professeur Fine est encore vivant et avertit Clark, qui se met à le rechercher. Lana, encore bouleversée par leur rupture, expérimente un médicament à base de kryptonite qui lui permet de voir ses parents décédés. Clark, inquiet, se précipite pour empêcher Lana de se blesser, mais finit par être en contact avec le sérum de kryptonite. Lorsque Clark tombe dans le coma, il est capable de parler à Jonathan, qui le prévient que Lionel connaît son secret, mais qu'il est destiné à faire de grandes choses et à devenir un symbole pour des millions de personnes.
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Loïs n'apparaît pas dans cet épisode.
Cet épisode peut faire référence au film Flatliners, l'original pas le remake.
Clark et Martha prennent chez eux une petite fille, Maddie, après la mort de sa mère adoptive. Maddie devient le principal suspect, du moins aux yeux de Loïs, quand on découvre qu'elle a le pouvoir de manipuler le verre. Le père de Maddie arrive dans le but de la récupérer et se révèle être le véritable assassin. Loïs accepte de devenir l'assistante de Martha, et Chloé surprend Lex et Lana pendant un moment d'intimité.
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Lionel n'apparaît pas dans cet épisode.
Lana et Lex s'embrassent pour la première fois, tous deux conscients.
On apprend pour la première fois que les pouvoirs acquis dû à l'exposition de la kryptonite peuvent se transmettre génétiquement, Chloé qualifie Maddie de Krypto-monstre de "seconde génération".
Après avoir tenté de prendre le contrôle de LuthorCorp, un employé mécontent prend en otage Lionel, et orchestre une série de jeux élaborés que Lionel doit gagner pour rester en vie. Clark dit à Martha que Lionel connaît son secret. Elle devient par inadvertance un pion dans le jeu du bourreau et finit par se battre pour sa propre vie aux côtés de Lionel.
À Metropolis, Clark sauve la vie d'un étranger nommé Graham, qui jure de lui rendre la pareille. Malheureusement, Graham se trouve être un tueur à gages avec la possibilité de devenir invisible, et il décide que tuer Lex serait le meilleur cadeau qu'il pourrait offrir à Clark. Pendant ce temps, Lana avoue à Clark que sa relation avec Lex devient de plus en plus sérieuse.
Clark est stupéfait quand il voit le fantôme de son père au cimetière, mais devient encore plus confus quand Jonathan lui dit qu'il doit tuer Lionel...
Fine libère un virus informatique qui paralyse tous les systèmes afin de déclencher une panique générale et la destruction de la Terre, et refuse de le stopper à moins que Clark accepte de libérer Zod. Clark se tourne vers Jor-El et apprend que Zod a besoin d'un corps à habiter. Clark doit détruire ce nouveau corps, qui s'avère être celui de Lex...
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