Le lycée de Moordale accueille une nouvelle proviseure, Hope Haddon, chargée de laver la réputation du « lycée du sexe ». Les élèves vont vite cerner les méthodes de la jeune femme, qui n'hésite pas à user de manipulation et d'humiliation pour faire taire les minorités en quête d'identités. Otis et Maeve sont en froid depuis l'été et s'interrogent sur l'avenir de leur cabinet de sexologie.
Une nouvelle année commence à la Moordale Secondary School avec une nouvelle proviseure : Hope Haddon, elle-même ancienne élève du lycée, qui promet de remettre le « lycée du sexe » sur le droit chemin. Otis doit cacher qu'il a une liaison avec Ruby depuis l'été, et apprend qu'un "Sex King" a pris sa suite comme thérapeute mais ses conseils, basés sur des clichés, sont désastreux. Jean fait la promotion de son nouveau livre sur son expérience à Moordale, mais hésite à annoncer à Jakob qu'elle est enceinte. Eric et Adam révèlent publiquement leur liaison, mais Adam accepte encore mal qu'on rit de sa sexualité. Son père vit désormais chez son frère aîné, riche mais superficiel, et Michael peine à se débarrasser de sa réputation de proviseur du lycée du sexe pour redevenir enseignant. Lors d'une interview télévisée, Hope est interrompue par l'irruption d'un élève nu courant à travers le campus, ses vêtements lui ayant été dérobés par erreur. Otis et Maeve démasquent le Sex King : Kyle. Miss Sands souhaite que Maeve postule à un programme pour élèves à haut potentiel aux États-Unis. Le secret de la liaison d'Otis et Ruby est éventé par Eric, et Ruby décide d'assumer. Otis révèle que la clinique du sexe se tenait dans les toilettes abandonnées, qu'elle fait démolir en réponse.
Adam tarde à révéler sa relation avec Eric à sa mère. Otis et Ruby officialisent leur relation dis Jean et Jakob décident d'élever l'enfant attendu de Jean, bien qu'Ola soit mal à l'aise. Hope met en œuvre de nouvelles directives et réprime le contenu sexuellement suggestif à l'école. Viv se porte volontaire avec Jackson pour peindre sur un mur graffité, mais Cal, un étudiant non-binaire, en parle à Jackson. Michael continue de lutter contre le chômage ; après avoir entendu son frère se plaindre, il emménage dans la maison de M. Hendricks. De leur côté, Jean et Jakob tentent une thérapie de couple. Maeve demande à Otis d'organiser des séances de thérapie avec Jean pour Aimee qui a du mal à être intime avec Steve. Eric et Adam essaient d'avoir des relations sexuelles, mais Adam ne parvient pas à communiquer correctement sur ce qu'il veut être le fond ce qui amène Eric à croire qu'il n'est pas intéressé. Otis donne à Adam des conseils sur la façon de s'exprimer plus confortablement. Adam rend visite à Eric et ils passent la nuit ensemble. Maeve a une confrontation avec Erin, qui refuse de lui parler, au foyer d'accueil d'Elsie. Maeve et Isaac s'embrassent avant qu'il lui avoue qu'il a supprimé le message vocal d'Otis. Se sentant trahie par Isaac, Maeve s'en va. Hope rétrograde Jackson, fait de Viv la fille en chef et impose des uniformes scolaires.
Jakob et Ola emménagent dans la maison de Jean, mais des tensions se développent entre Otis et Ola. Aimee commence une thérapie avec Jean. Hope confie à Viv la responsabilité de la conformité uniforme, ce à quoi Cal résiste. Jackson commence une amitié avec Cal. Otis, Ruby, Eric et Adam ont un double rendez-vous. Eric est blessé quand Adam le décrit comme un simple ami de sa mère et de son nouveau petit ami. Ruby ramène à contrecœur Otis chez elle, où il rencontre son père alité, Roland, qui fume du cannabis médical fourni par Jeffrey pour soulager sa douleur. Otis conseille Jeffrey d'aider Cynthia à gérer son chagrin à la suite de la mort accidentelle de leur chat. Avec l'aide d'Isaac, Maeve améliore sa relation avec Erin. Otis et Ola s'entendent sur leurs conditions de vie. Ruby appelle Otis et lui dit qu'elle l'aime, mais Otis ne peut se résoudre à lui dire la même chose.
Ruby esquive les tentatives d'Otis de lui parler. Maeve soumet sa candidature au programme d'études. Jean et Jakob continuent la thérapie de couple, mais Jakob est sceptique quant à son utilité. Lily soumet une histoire au journal local. Hope présente un nouveau programme sur les relations et l'éducation sexuelle qui se concentre sur l'éducation sexuelle à l'abstinence uniquement. Otis et Maeve protestent contre les informations fournies et sont renvoyés de la classe. Jean a du mal avec sa grossesse et à trouver un terrain d'entente avec Jakob. Celui-ci trouve un bijou pour homme dans la maison de Jean. Maeve découvre que quelqu'un a payé ses frais pour un voyage scolaire en France et suppose que c'était le parent adoptif d'Elsie. Michael et sa femme se croisent. Celle-ci l'encourage à recontacter Adam, mais il interprète à tort ses paroles comme une invitation à se remettre ensemble. Maeve a un rendez-vous avec Isaac. Quand Otis admet qu'il n'aime pas Ruby, elle rompt avec lui.
Eric et sa famille se rendent au Nigeria pour un mariage, tandis que le reste de la classe visite un champ de bataille de la bataille de la Somme . La mère d'Eric lui demande de ne pas attirer l'attention sur lui. Viv informe Jackson et Cal d'un forum où ils peuvent faire part de leurs préoccupations, mais Cal n'est pas convaincu. Otis tente de s'excuser auprès de Ruby mais celle-ci ne veut rien entendre. Jean rencontre Hope à l'hôpital, où elles ont une conversation laconique sur l'éducation sexuelle à Moordale. Aimee révèle à Maeve qu'elle a demandé à sa mère de payer les frais de voyage de Maeve, provoquant une rupture d'amitié entre elles. Jackson et Cal hallucinent après avoir pris des champignons hallucinogènes dans le bus scolaire, créant une réaction en chaîne qui fait que Rahim provoque un accident de voiture. Adam prend le blâme pour Rahim. Otis et Maeve sont bloqués lorsque le bus part sans eux. Lorsque Jean et Jakob rencontrent un ex de Jean, Jakob admet qu'il ne fait pas confiance à Jean et demande un test de paternité. Otis et Maeve s'avouent leurs sentiments l'un pour l'autre et s'embrassent pour la première fois. Maeve dit à Otis qu'elle a besoin de temps pour traiter ses pensées.
Maeve est acceptée dans le programme, mais l'école est incapable de lui fournir un financement. L'histoire de Lily est publiée, provoquant encore plus de mauvaise presse pour l'école. Hope subit la pression des investisseurs et de la commission scolaire pour obtenir des résultats. Hope punit Cal, Lily et Adam devant les étudiants et Rahim est suspendu lorsqu'il proteste. Maeve découvre qu'Erin a enlevé Elsie du foyer d'accueil. Quand Otis et Isaac se font concurrence pour aider Maeve, elle les rejette tous les deux. Michael rend le cahier de Jean ; ils s'assoient pour une séance de thérapie où Jean encourage Michael à trouver quelque chose qui lui donne du bonheur. Hope confie à Viv la tâche de faire une présentation pour la prochaine journée portes ouvertes de l'école; Viv enregistre secrètement la remarque dédaigneuse de Hope sur les préoccupations des étudiants et l'envoie aux autres étudiants. Otis réprimande Jean quand elle lui pose des questions sur Maeve après qu'Aimee l'ait accidentellement mentionnée. Adam demande à Rahim de l'aider à écrire de la poésie pour Eric. Au mariage, Eric rencontre un photographe, Oba, qui l'emmène dans un club gay où ils finissent par s'embrasser.
C'est la journée portes ouvertes à l'école secondaire Moordale. Lily sèche les cours et s'isole d'Ola, qui demande à Otis d'intervenir. Maeve s'excuse auprès d'Isaac, mais il ne veut pas entrer en relation avec elle si elle n'est pas sûre de ses sentiments envers lui. Maeve et Aimee se réconcilient et traquent Erin et Elsie. Erin permet à Elsie de retourner dans le foyer d'accueil. Hope enferme Cal dans une pièce pour l'empêcher de perturber la journée portes ouvertes. Viv donne une présentation vidéo dans laquelle les étudiants déclarent avec défi qu'ils sont fiers d'être connus sous le nom de "Sex School". Hope tente d'arrêter la vidéo, mais Ruby la repousse. Lors d'une interview télévisée, Jean entre en travail. Jakob parle de sa défunte épouse au thérapeute. Jackson et Cal s'embrassent, mais s'arrêtent parce que Cal veut que Jackson comprenne Cal comme une personne non binaire plutôt que comme une femme. Otis fait un discours d'encouragement à Lily. Eric révèle à Adam qu'il a embrassé Oba. Michael se découvre un intérêt pour la cuisine et se défend lorsque son frère le rabaisse lors d'un dîner. Il s'ouvre à sa femme et ils dorment ensemble. Jean accouche d'une petite fille, mais souffre d'une hémorragie. Otis et Maeve se maquillent et s'embrassent à nouveau.
Adam entre dans un concours canin. Lily enlève son attirail extraterrestre et demande à sa mère de s'en débarrasser mais après une demande d'autographe d'un fan, elle change d'avis. Hope est démise de ses fonctions. Jean se réveille de la chirurgie et reçoit les résultats du test de paternité, qui la choquent. Erin se faufile dans l'école et donne à Maeve l'argent pour le programme, mais celle-ci décide de ne pas y aller car elle ne veut pas quitter Otis alors qu'ils commencent leur relation amoureuse. Jackson et Cal règlent leurs divergences d'opinions sur une relation queer les empêchant de devenir un couple, après quoi ils se séparent à l'amiable en tant qu'amis. Les étudiants apprennent que l'école sera vendue à des promoteurs, ils devront donc trouver des arrangements scolaires alternatifs. Otis rencontre Hope à l'hôpital, qui tente une autre série de fécondation in vitro après avoir essayé sans succès pendant trois ans de tomber enceinte. Jean surprend Otis réconfortant Hope. Lily et Ola font amende honorable. Adam pardonne à Eric d'avoir embrassé Oba, mais Eric rompt avec lui parce qu'il a l'impression de perdre une partie de lui-même à cause de la lutte d'être avec quelqu'un qui n'est pas encore à l'aise dans son identité sexuelle. Adam dit enfin à sa mère qu'Eric était son petit ami, et il est révélé qu'il a écrit un poème sincère sur ses sentiments pour Eric. Celle-ci refuse le dîner avec Michael. Aimee persuade Maeve de poursuivre le programme d'études aux États-Unis. Otis et Maeve font leurs adieux.
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