La saison 2012-2013 du Málaga CF est la 5e saison consécutive du club en Liga BBVA. Elle fait suite à la saison 2011-2012 qui a vu Málaga terminer à la 4e place du championnat, place qualificative pour la Ligue des champions. La première dans l'histoire du club.
Avant son premier match officiel en Liga BBVA prévue le 18 août, Málaga a prévu sept matchs amicaux. Le bilan est de trois victoires, deux nul et deux défaites avec un total de treize buts marqués.
Le , Javier Saviola qui a été laissé libre par le Benfica, s'engage pour une année. Le chilien Manuel Iturra, quant à lui libéré par le Real Murcia, s'engage pour une année également[14].
La saison 2012-2013 de la Liga BBVA est la 82e édition de la première division espagnole.
Les vingt clubs participants au championnat seront confrontés à deux reprises aux dix-neuf autres. La compétition débute le et se termine le 1er juin 2013.
Les meilleurs de ce championnat se qualifient pour les coupes d'Europe que sont la Ligue des Champions et la Ligue Europa. Málaga participe à cette compétition pour la cinquième fois consécutive depuis la saison 2008-2009.
Comme chaque saison, Le Real Madrid et le FC Barcelone font office de grand favoris pour le titre. Le Valence CF et L'Atlético Madrid sont quant à eux avec Málaga, après sa 4e place obtenue la saison précédente, outsider.
Le premier match de la saison se solde par une victoire contre le Celta Vigo sur le score d'un but à zéro dans un match dominé équilibré, Fabrice Olinga donne l'avantage aux siens à la 84e minute grâce à une passe de l'argentin Diego Buonanotte. Ce qui fait du jeune camerounais le buteur le plus jeune de l'histoire de la Liga[17].
À domicile au match suivant, Málaga n'a pu faire mieux qu'un but partout contre Majorque. Tömer Hemed a ouvert le score de la tête pour Les Majorquins avant que Juanmi Jiménez égalise pour le club andalou, la passe décisive est à mettre au profit de Francisco Portillo. Ce match est marqué par l'expulsion d'Eliseu en toute fin de match.
3 jours après la qualification de Málaga en match de barrage de Ligue des champions, les joueurs de Pellegrini se déplacent à Saragosse. Et c'est sur le plus petit des scores que le club va s'imposer, avec un but signé Ignacio Camacho sur une passe d'Eliseu.
La journée qui suit voie le club battre Levante trois buts à un. Avec un Javier Saviola des grands soirs (un but à la 27e minute grâce à une passe d'Isco et une passe décisive pour Joaquin qui marque à l'heure de jeu). Portillo va sceller la victoire du club à la 93e minute.
Málaga va marquer un petit coup d'arrêt après le match nul et vierge à Bilbao, mais va renouer avec la victoire six jours plus tard après une écrasante victoire face au Betis Séville quatre buts à zéro. Les buteurs sont Joaquin à la 13e minute sur penalty, Javier Saviola à la 28e minute (assisté de Portillo), Amaya qui marque contre son camp à la 72e minute et Isco deux minutes plus tard (assisté par le nouvel arrivant Santa Cruz).
Les andalous vont connaître leur premier revers sur la pelouse de l'Atlético Madrid. À peine cinq minutes de jeu que le génie colombien Falcao va ouvrir le score pour les Indios de Madrid. Dix minutes avant la pause, Roque Santa Cruz va égaliser pour Málaga. Enfin, à quelques secondes de la fin, Falcao encore lui va donner la victoire à ses coéquipiers. Málaga reste 3e derrière son adversaire du jour.
Après cette défaite, les andalous vont retrouver le sourire la semaine suivante face à Valladolid. Malgré l'ouverture du score des visiteurs, les locaux vont renverser la vapeur grâce à des buts signés Isco et Joaquin les joueurs en forme du moment.
La journée qui suit se solde par un match nul et vierge face au club barcelonais de l'espanyol.
Le mois de novembre va être très compliqué pour les Boquerones, après huit mois d'invincibilité à domicile, le club va chuter deux fois en une semaine au Stade La Rosaleda. Vallecano et la Real Sociedad, des clubs jugés pourtant à la portée du club, s'imposent sur le score de deux buts à un.
Les andalous vont ensuite faire match nul zéro partout sur le terrain d'Osasuna. Mais la semaine suivante, les coéquipiers de Jesus Gámez vont se ressaisir et écraser le FC Valence quatre buts à zéro. Málaga met alors fin à six matchs consécutifs sans victoires toute compétitions confondues.
Malgré la victoire étincelante face à Valence, le club va chuter pour la quatrième fois de la saison, la troisième fois en cinq matchs face à Getafe. Les Andalous ont manqué l'occasion de revenir à un point du Real Madrid, troisième.
Pour le compte de la 15e journée de championnat, Málaga va remporter facilement les trois points en inscrivant quatre nouveaux buts à domicile face à une équipe de Grenade totalement impuissante.
Le 15 décembre, le club se déplace à Séville afin de confirmer la victoire à domicile. Après un corner botté par Joaquin, Martin Demichelis va tromper le portier adverse de la tête. Eliseu va ensuite doubler la mise sur pénalty tiré à contre pied.
Pour son dernier match de l'année, Málaga reçoit le champion en titre, le Real Madrid. Les andalous performant ces derniers matchs, vont enchaîner une troisième victoire consécutive en battant les madrilènes 3-2. À noter que l’entraîneur du Real, José Mourinho, a écarté le portier international espagnole Casillas pour ce match[18].
N'étant pas tête de série lors du tirage au sort des barrages à cause d'un coefficient UEFA pas assez important, Málaga hérite du Panathinaïkos, adversaire jugé à leur porté, en tour préliminaire de la Ligue des Champions. Si le club perd, il sera reversé en Ligue Europa, dans le cas contraire, il accédera au phase de groupe de la C1. Málaga s'impose deux buts à zéro au match aller grâce à un but de Martin Demichelis et d'Eliseu et assure son avance au retour.
↑Seule la nationalité sportive est indiquée. Un joueur peut avoir plusieurs nationalités mais n'a le droit de jouer que pour une seule sélection nationale.
↑Seule la sélection la plus importante est indiquée.