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Schimmelpenninck est né à Deventer d'un négociant en vin, issu d'une ligne bâtarde de la famille noble de Gueldre, les Schimmelpenninck. Il étudie dans un athénée de Deventer puis part, à vingt ans, étudier le droit romain et contemporain à l'université de Leyde.
Un patriote actif
Il s'installe en tant qu'avocat à Amsterdam en 1785. Il se marie le avec Catherina Nahuys. C'est grâce aux relations de sa femme qu'il a pu fonder la société patrioteVaderlandsche Sociëteit. Mais la société est dissoute après l'invasion prussienne de 1787 qui rétablit le stathouderGuillaume V d'Orange-Nassau dans ses pouvoirs. De nombreux patriotes s'exilent en France et en Belgique mais Schimmelpenninck reste à Amsterdam où il fonde avec ses amis une société scientifique — en réalité patriote — Doctrina et Amicitia. On trouve au sein de cette société d'autres patriotes de la première heure comme Krayenhoff, Gogel, Goldberg ou Wiselius.
Le modéré
Avec l'invasion des troupes françaises du général Pichegru en janvier 1795, Schimmelpenninck et Krayenhoff renversent la municipalité d'Amsterdam le . Il est choisi comme député modéré par le quatorzième district d'Amsterdam pour l'élection de la première Assemblée nationale batave (Nationale Vergadering) qui se réunit à partir du . Les modérés ne sont pas l'unique parti de l'Assemblée nationale. Elle est dominée par les fédéralistes, qui veulent conserver l'organisation fédérale de la République, et les unitaristes, qui veulent au contraire créer une république "une et indivisible", sur le modèle français. Les modérés, comme Jan Bernd Bicker, bien qu'étant favorable à l'unité de la République batave, souhaitent toutefois conserver une autonomie importante pour les provinces.
Schimmelpenninck est président de l'Assemblée nationale à deux reprises, entre le 17 et le et entre le 15 et le .
Il est député dans la deuxième Assemblée nationale élue pendant l'été 1797, après le rejet par référendum d'un projet de constitution. Il est cependant exclu de l'assemblée par le coup d'État du mené par le général Daendels au profit des unitaristes. Mécontent de l'action du gouvernement unitariste et profitant du coup d'État du 22 floréal en France, Daendels renverse les unitaristes le . Schimmelpenninck est sur le devant de la scène.
Ambassadeur
En 1798, il devient ambassadeur de la République batave à Paris pour y défendre les intérêts de la Batavie. Il est particulièrement enthousiasmé par le coup d'État du 18 brumaire qui porte Napoléon Bonaparte au pouvoir en France. Il représente la République batave aux négociations du traité d'Amiens pendant l'hiver 1801-1802. Il est alors envoyé comme ambassadeur à Londres mais rentre en Batavie au début de l'été 1803 après la reprise de la guerre avec le Royaume-Uni. En septembre, il retourne à Paris comme ambassadeur.
Mécontent du gouvernement batave, Napoléon Ier demande à Schimmelpenninck à la fin de 1804 de rédiger une nouvelle constitution dotée d'un exécutif fort, confié à Schimmelpenninck. Le , il est investi grand-pensionnaire (Raadspensionaris) de la République batave. Avant la révolution batave, le grand-pensionnaire était le gouverneur civil de la Hollande. Il est devenu en réalité un homme de paille de Napoléon. Il semble que Schimmelpenninck ait accepté à contre-cœur cette décision, considérant que l'indépendance était toujours préférable à l'annexion. Il est assisté de ministres et d'un Corps législatif de 19 membres, les « Hauts et Puissants Seigneurs », réuni mois par an. Là aussi, il y une survivance pré-révolutionnaire, ce titre était celui porté par les représentants des sept provinces unies aux États généraux. Le grand-pensionnaire réside au palais du Bois, près de La Haye, et le gouvernement travaille au Binnenhof. L'un des ministres les plus compétents est le secrétaire d'État aux Finances, Alexander Gogel. Durant sa courte présidence, de grandes réformes ont été initiées, notamment dans le domaine fiscal. En effet, la Batavie dépense alors le double de ses recettes et la banqueroute menace. Le secrétaire d'État Hendrik van Stralen introduit une réforme de l'école pour favoriser l'enseignement public. Malgré des résultats prometteurs, Napoléon décide de remplacer Schimmelpenninck par son jeune frère Louis Bonaparte, qui devient le premier roi de Hollande sous le nom de Louis-Napoléon le . Malade, presque aveugle, Schimmelpenninck se retire de la vie politique. Il est toutefois fait chevalier de l'Ordre de l'Union en 1807.
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