Il démarre à partir de 2002, une carrière d'entraîneur à l'Excelsior Veldwezelt. Après s'être occupé des espoirs du KRC Genk de 2003, il est l'entraîneur de l'équipe première de février 2008 à mars 2009[2].
Depuis 2010, Van Geneugden est à la tête de l'Oud-Heverlee Louvain. Durant sa première saison, il parvient à faire monter le club en division 1, puis à le maintenir dans l'élite la saison suivante.
Il devient le nouvel entraineur de Waasland-Beveren le à la suite du départ de Bob Peeters. Il est remercié le après 3 défaites consécutives et une 14e place en championnat, à égalité de points avec le Cercle Bruges , 15e et relégable.
Le , il signe chez le club chypriote de Enosis Neon Paralimni. Sous sa direction, le club finit 13e et avant-dernier et jouera en division 2 la saison prochaine.
.svg){kind=small}
