La rivière aux Cèdres prend sa source dans une zone de marais chevauchant les limites intermunicipalités de Saint-Agapit, de Dosquet et de Saint-Flavien. Cette zone de tête est située à 8,0 km au sud-ouest du centre du village de Saint-Agapit, à 5,5 km à l'ouest du village du centre de Saint-Flavien et à 5,0 km au nord-est du centre du village de Dosquet.
À partir de sa zone de tête, la rivière aux Cèdres coule sur 20,9 km répartis selon les segments suivants :
100 m vers le sud-ouest en zone de marais dans Saint-Agapit ;
2,5 km vers le sud-ouest, dans Saint-Flavien, en traversant une zone de marais, jusqu'à la décharge de la "Branche de droite" de la rivière aux Cèdres" ;