Le , l'Espagne reconnaît de nouveau l'indépendance de l'Estonie de l'Union soviétique[2]. Les relations diplomatiques sont rétablies le de la même année[1]. L'ambassade d'Espagne est alors toujours basé à Helsinki. Cependant, le , un consulat est ouvert à Tallinn[1].
Le , l'Estonie ouvrit son ambassade en Espagne[1].
En 2016, les exportations estoniennes vers l'Espagne s'élevaient à 108,6 millions d'euros, tandis que les exportations espagnoles vers l'Estonie s'élevaient à 170,9 millions d'euros[1].
Défense
L'Espagne et l'Estonie sont toutes deux membres de l'OTAN. L'Espagne participe ainsi à la mission Baltic Air Policing, visant à sécuriser l'espace aérien des pays baltes, et a été déployée entre le 1er janvier jusqu'au (basé à Ämari), à partir du au (basé en Lituanie, à Šiauliai) et enfin entre le 1er mai et le [1]. Le pays avait également participé à la rotation aérienne sur les États baltes entre le 1er août et le [1],[3].