Rafer Alston joue au poste de meneur, il mesure 1,88 m. Il grandit à Jamaica dans le Queens, où il se fait une réputation de streetballer. Il se fait connaître dans le monde surtout grâce à la And1 Volume Mixtape 1.
Lors de la saison NBA 2002-2003, il joue aux Raptors de Toronto qui le font signer d'abord pour 10 jours puis pour la saison entière. Il y double son temps de jeu.
Heat de Miami (2003-2004)
Le 4 septembre 2003, il signe pour un an au Heat de Miami et joue plus d'une trentaine de minutes par match, dont 28 matchs sur 82 en tant que titulaire. Il réalise de bonnes statistiques : 10,2 points, 4,5 passes décisives et 1,5 interception par match. Miami lui permet de jouer réellement ses premiers playoffs. Après sa saison à Miami, il devient titulaire des équipes où il joue.
Retour aux Raptors de Toronto (2004-2005)
Pour la saison NBA 2004-2005, Alston retourne à Toronto. Devenu titulaire, il marque en moyenne 14,2 points, donne 6,4 passes décisives et fait 1,5 interception.
Rockets de Houston (2005-fév.2009)
Le 4 octobre 2005, il est échangé pour la saison suivante aux Rockets de Houston.
Lors des saisons 2005-2006 et 2006-2007, à Houston, Alston réalise de belles performances, avec notamment comme statistiques 12,1 et 13,3 points, 6,7 et 5,4 passes décisives, 4,0 et 3,4 rebonds, et 1,6 interception les deux saisons. Il accède aux playoffs lors de la saison 2006-2007, mais ses 10,9 points, 5 passes décisives et 6,9 rebonds ne suffisent pas, en 7 matchs, à battre le Jazz de l'Utah.
Le 26 janvier 2011, il part en Chine où il signe avec les Zhejiang Lions pour le reste de la saison. Durant le mois de février, il quitte l'équipe pour assister aux funérailles d'un ami et l'équipe, estimant qu'il était peu probable qu'il revienne parce qu'il avait été blessé et refusait de voir un médecin, lui a dit de ne pas revenir.
Alston a disputé huit matches avec les Lions en ayant des moyennes de 19,2 points, 3,3 rebonds et 3,4 passes décisives.
