La station a été créée en 1991 et diffusait ses émissions depuis l'Ouganda. Ce fut la première alternative à Radio Rwanda, et ses émissions atteignait tout le sud du Rwanda vers le milieu de l'année 1992. Elle incitait à la résistance armée à l'encontre du gouvernement "extrémiste" rwandais. Dans une émission diffusée en , il fut affirmé que les milices du parti gouvernemental avaient "mis au point des pièges destinés à exterminer les jeunes"[1]. Dès , quelques mois avant la diffusion de la RTLM, Radio Muhabura avait accusé le gouvernement rwandais de génocide[2]. La radio a systématiquement nié toute implication du FPR dans les meurtres de civils[3] et a promu la résistance au "pouvoir hutu", au gouvernement Habyarimana et à la désertion des militaires[4].
