Dès 1940, il entre dans la Résistance et adhère à plusieurs mouvements clandestins ce qui attire les soupçons du gouvernement de Vichy qui le mute à la police régionale d'état[3].
En , il est recruté par Raymond Fassin, officier de liaison de la France libre auprès du mouvement de résistance Combat. Pierre-Paul Ulmer assure la protection de l'officier de liaison[3].
En , il est arrêté par la Gestapo, mais il est libéré grâce à sa connaissance de l'Allemand[3]. En , Pierre-Paul Ulmer est commandant, il devient l'adjoint de Paul Rivière, chef de la section des atterrissages et des parachutages (SAP) de la région lyonnaise. Jusqu'en , il organise ce service d'opérations aériennes et il participe personnellement, avec succès, aux opérations importantes de parachutage[3].
En , il est nommé chef de la SAP de la région de Clermont-Ferrand. Il remplace Yves Léger, abattu par deux agents de la Gestapo. Cette dernière a réussi à décapiter la délégation militaire régionale. Pierre-Paul Ulmer reconstruit le réseau des comités de réception de la SAP et permet ainsi de recevoir l'armement pour équiper le maquis du groupe « Auvergne »[3].
Après la libération de la région, sa connaissance de la langue allemande, lui permet d'être désigné pour un entraînement en Grande-Bretagne pour un futur parachutage en Allemagne qui capitule avant le déclenchement de la mission[3].
Après la guerre
En 1947, Pierre-Paul Ulmer est nommé gouverneur militaire à Ravensbourg. Dès sa nomination, il s'investit dans la réconciliation franco-allemande[4].
À l'été 1953, Pierre-Paul Ulmer met fin à ses jours. Selon son souhait, il est inhumé dans le cimetière de Ravensbourg en présence d'une foule importante[4].
(de) Markus Glonnegger, « Pierre-Paul Ulmer und das Rutenfest », En 1947, Pierre-Paul Ulmer intervient pour sanctionner des militaires français perturbant la Rutenfest, une fête traditionnelle de Ravensbourg. , sur pressreader.com, Schwaebische Zeitung, (consulté le ).