Natoli est né et a grandi à Rome dans une famille aristocratique originaire de Patti (dans la province de Messine), appartenant à une branche de l'ancienne lignée princière des Natoli di Sicilia (d'origine provençale lointaine), qui s'est installée dans la capitale italienne dans les années 1940. Après avoir obtenu sa licence en droit, il entre dans le monde du cinéma en tant qu'assistant-réalisateur de Marco Bellocchio[1]. Il débute simultanément comme réalisateur et acteur en 1980 dans le film Con... fusione(it). Ses prestations dans Compagni di scuola et Ferie d'agosto sont restées dans les mémoires. Il a travaillé pendant huit ans à la RAI en tant qu'auteur et réalisateur de documentaires et d'enquêtes.
