En 1985, ils quittent Bobby Orlando et signent avec Parlophone, une division du label EMI[11],[8].
Le sort le premier 45 tours estampillé Parlophone, Opportunities (Let's Make Lots of Money), produit par J.J. Jeczalik et Nicholas Froome[18], mais à nouveau le titre ne retient pas l'attention du public[8]. Le duo se tourne alors vers le producteur américain Stephen Hague afin de réaliser une nouvelle version de West End Girls[11].
En 1987, lors du lancement du single It's a Sin, Jonathan King accuse les Pet Shop Boys de plagiat dans les colonnes du journal The Sun : selon lui, la mélodie proviendrait de la chanson Wild World de Cat Stevens. Afin de soutenir ses affirmations, il publie sa propre version de Wild World en utilisant l'arrangement musical de It's a Sin, mais cette démonstration est un échec. Le groupe gagne le procès intenté et fait don des dommages et intérêts obtenus à une œuvre de charité[19][source insuffisante]. La même année, ils atteignent la première place des classements britanniques ainsi que la quatrième aux États-Unis[20] avec une reprise du titre Always on My Mind, chanson country initialement créée par Brenda Lee et reprise par Elvis Presley en 1972.
En 1988, Pet Shop Boys compose le titre I'm not scared pour le groupe Eight Wonder, avec la chanteuse Patsy Kensit. Le single remporte un bon succès en France, en Italie, en Suisse, en Allemagne et au Royaume-Uni, où il réussit à entrer dans le top 10 des singles les plus vendus.
Les Pet Shop Boys ont inclus leur version de la chanson sur leur album Introspective, sorti fin 1988
En 1993, ils reprennent le titre Go West, qui est à l'origine une chanson du groupe Village People. Cette version a été utilisée entre 1996 et 2000 comme génériques des matchs de football sur TF1[réf. nécessaire] et a été reprise pour composer l'hymne du Paris Saint-Germain[22].
En mars 2013, après 28 ans de partenariat, le groupe quitte Parlophone pour rejoindre le Kobalt Label Services[30],[31] via leur propre label X2 (Times two)[32]. La même année, le titre West End Girls fait partie de la bande originale du jeu GTA V[33].
1995 : Discovery Live In Rio - VHS et Laserdisc (concert du Discovery Tour - 21 titres) (Laserdisc sorti en 1996)
1997 : Somewhere In Concert - VHS, DVD et double VCD (concert du Concert at the Savoy Theatre (14 titres + entretien et documentation)
2001 : Montage / The Nightlife Tour - DVD (concert du Nightlife Tour - 22 titres + 14 MONTAGE vidéosprojections + 4 clips dont un caché)
2002 : Home and dry - DVD (Home and dry single vidéoclip + 2 pistes audio)
2002 : I get along - DVD (I get along/E-mail single vidéoclip + 2 pistes audio)
2003 : PopArt - The Videos - DVD (41 vidéoclips remasterisés + commentaire de 3 heures des Pet Shop Boys)
2004 : Performance - The Classic 1991 Live Show Enhanced - DVD (version intégrale, remasterisée et restaurée du Performance Tour + documentaire 1991 + commentaire 2004 de 103 min des Pet Shop Boys)
2006 : I'm With Stupid - DVD (I'm With Stupid single vidéoclip + 3 pistes audio)
2006 : Minimal - DVD (Minimal single vidéoclip + 3 pistes audio)
2006 : A Life In Pop - DVD (documentaire de 144 min retraçant l'ensemble de la carrière des Pet Shop Boys + en extras bonus vidéos, 5 vidéoclips et 3 prestations télévisées dont la toute première performance du groupe)
2007 : Cubism / In Concert - DVD (concert du CubismIn Concert Tour enregistré le à l'auditorium national de Mexico - 26 titres + documentaire 9 min 24 + commentaire 2007 de 103 min des Pet Shop Boys + galerie photos)
2007 : PopArt - The videos / The Hits - 1 DVD + 2 CD (41 vidéos / 35 titres)
2010 : Pandemonium - DVD + CD (DVD concert du Pandemonium Tour enregistré le à l'O2 Arena de Londres, 22 titres + 6 extras bonus vidéos + commentaire 2010 de 98 min des Pet Shop Boys - CDlive, version audio du DVD, 17 titres)
2011 : Live In Roskilde2009 - DVD (10 titres enregistrés lors du Festival de Roskilde, le ) - DVD disponible uniquement en Argentine et au Brésil (8 vidéoclip)
2012 : Best Hits Collection - DVD disponible uniquement en Argentine.
Depuis 1989, les Pet Shop Boys publient Literally, sorte de journal de bord ou de magazine de fans, à un rythme plus ou moins soutenu. En 2014 le prix est de 3 £. À partir de 2015, le groupe décide d'éditer la revue à la fin de chaque année.
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