L'administration de peginterféron alfa-2a peut provoquer une grande variété d'effets secondaires et indésirables[1]. Agissant sur le système immunitaire, ce médicament est susceptible d'aggraver certaines infections, au point de les rendre mortelles, et de favoriser le développement de maladies auto-immunes. Il peut également accentuer des troubles cardio-vasculaires préexistants, provoquer des troubles de l'humeur allant jusqu'au développement d'idées suicidaires ou d'automutilation, et réactiver tout un ensemble d'affections ayant déjà atteint le patient[2].
La séquence des résidus d'acides aminés de l'interféron alfa est la suivante[3] :