Son premier match en équipe de France a lieu contre l'Australie à Clermont-Ferrand, le et son dernier fut contre la Roumanie à Béziers, le . Au total, il marque 20 essais en sélection dont 4 en Coupe du monde et 9 lors du tournoi des cinq nations entre 1983 et 1991.
Il se retire du poste d'entraîneur du Biarritz olympique avant la fin de la saison 2008-2009. De 2009 à 2011, il est consultant dans l'émission Les Spécialistes rugby sur Canal+ Sport.
Après ce passage en sélection, Lagisquet collabore bénévolement avec l'équipe espoirs de l'Aviron bayonnais. En , il devient avec Hervé Durquety entraîneur du Saint-Pée Union Club de Saint-Pée-sur-Nivelle, un club amateur jouant au sixième niveau national[6]. À l'été 2019, il est nommé à la tête de la sélection nationale du Portugal, entouré d'Hervé Durquety et Olivier Rieg[7]. En novembre 2022, le Portugal se qualifie pour la coupe du monde 2023[8]. Durant la compétition, la sélection lusitanienne se distingue par son jeu de qualité, décrit par la presse comme audacieux et offensif[9], et déjoue les pronostics en terminant quatrième de sa poule devant la Géorgie avec laquelle elle a fait match nul (18-18) et au bénéfice d'une première victoire historique en coupe du monde face aux Fidji (24-23). Sa mission à la tête de la sélection portugaise prend fin à l'issue de la Coupe du monde, laissant sa place à Sébastien Bertrank[10].
Patrice Lagisquet détient le record du nombre d'essais inscrits lors d'une rencontre de l'équipe de France avec sept réalisations ; néanmoins, cette rencontre n'a pas le statut de test-match, l'équipe de France disputant ce match en tant que « France XV »[11].
Tournoi des Cinq Nations
Détails du parcours de Patrice Lagisquet dans le Tournoi des Cinq Nations.
Légende : v = victoire ; n = match nul ; d = défaite.
Anecdotes
Selon une légende, Patrice Lagisquet aurait couru le 100 mètres en 10 secondes et 2 dixièmes, un chronométrage proche du record du monde du 100 mètres de l'époque[12].
Il est le fondateur de l'association Chrysalide (enfance handicapée).