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Les forces d'occupations américaines ont cherché à abattre le parti en arrêtant les membres et en exécutant les dirigeants, puisqu'il s'opposait à la création d'un État sud-coréen et à la présence et l'influence américaine, mais il a poursuivi ses activités de manières clandestines et comptait 300 000 membres.
En 1947, le parti a lancé une lutte de guérilla armée, qui fut rapidement réprimé. Les États-Unis ont intensifié les persécutions et les violences contre le parti et la plupart des instances dirigeantes du parti ont fui en Corée du Nord.
Le Parti s'est violemment opposé à la création d'un État au sud de la péninsule coréenne, séparé du nord ; en février- il a incité des grèves générales pour s'opposer aux plans de création de la Corée du Sud.
Le , le parti a mené un soulèvement populaire sur l'île de Jeju, contre la déclaration unilatérale de la fondation de la République de Corée. La révolte fut violemment réprimée par l'armée américaine et des milliers d'insulaires ont péri durant la répression, cet épisode est appelé le massacre de Jeju.
Dans l'un de ses premiers actes officiels, l'Assemblée nationale sud-coréenne a adopté une loi nationale en , qui, entre autres mesures, a officiellement interdit le Parti du travail de Corée du Sud.
Mais en 1953, Pak Hon-yong et les anciens dirigeants du Parti du travail de Corée du Sud seront évincés par les purges politiques de Kim Il-sung qui personnalisera le parti et l'État nord-coréen.