Le baseball a permis aux Owls de gagner leur premier titre national (College World Series). C'était en 2003. En 2006, Rice se classa troisième du tournoi national. Le baseball est, de loin, le meilleur programme sportif de Rice. Les Owls restent en effet sur une série de 12 titres de conférence consécutifs : le dernier titre de la Southwest Athletic Conference, dix titres en Western Athletic Conference et un en Conference USA. Parmi les anciens membres des Owls de Rice devenus professionnels, citons Lance Berkman des Astros de Houston.
