En 1901, âgé de 23 ans, il crée déjà sa première réalisation personnelle[1], la Villa Vojcsik, réalisée pour le docteur Ladislaus Vojcsik, médecin d'Otto Wagner[2],[3].
En 1902, il entre dans l'atelier de Wagner où il restera jusqu'en 1909[1].
En 1909, après plusieurs années de pratique dans l'atelier d'Otto Wagner, Otto Schönthal, Emil Hoppe et Marcel Kammerer fondent leur propre bureau, qui survit jusqu'à la fin de la Première Guerre mondiale[1],[4]. La même année, Schönthal devient directeur de la revue Der Architekt[4].
Après la guerre, Marcel Kammerer quitte le bureau en 1918. Otto Schönthal et Emil Hoppe continuent l'atelier jusqu'en 1938 et réussissent à compenser le faible niveau des commandes en Autriche par une expansion dans les états issus de l'Autriche-Hongrie, comme la Tchécoslovaquie et la Yougoslavie[1].
En 1921, la candidature de Schönthal à la succession de Leopold Bauer à l'Académie échoue en raison de l'opposition de Friedrich Ohmann[1].
Le bureau Hoppe/Schönthal survit jusqu'à l'annexion de l'Autriche par l'Allemagne nazie en 1938[1]. Après l'Anschluss, Schönthal essaye de se concilier les faveurs du nouveau régime[1] mais il perd son autorisation d'exercer le métier d'architecte à cause des origines juives de sa femme[1].
Schönthal émigre en Suisse et plus tard en Yougoslavie, où vivent des parents de sa femme. Après la guerre, il retourne à Vienne et reprend ses activités.