Au mois de , il participe au XIVe congrès du Parti communiste d'Allemagne tenu en France. En 1940, il est arrêté en Belgique et déporté au camp de Saint-Cyprien en France, d'où il s'évade et rejoint la Résistance à Toulouse.
Otto Niebergall assume à nouveau des responsabilités au sein du KPD après son retour en Allemagne. Réélu conseiller municipal à Sarrebruck en 1946, il est expulsé de la Sarre en 1947 par les autorités militaires françaises.
Aux élections générales de 1949, il est élu membre du Bundestag pour le KPD et président du groupe. En 1952, il est élu à la direction du KPD. De 1953 à 1957, il est de nouveau conseiller municipal de Sarrebruck.
Après l'interdiction du KPD dans la Sarre en 1957, il va vivre en République démocratique allemande. Durant son séjour de 1957 à 1971, il fait partie du Comité central et du bureau politique du KPD, actif depuis Berlin-Est.
En 1971, il retourne en République fédérale et devient président de la commission d'enquête sur l'histoire du mouvement ouvrier auprès du comité exécutif du Parti communiste allemand (DKP) et membre du comité exécutif du DKP en Rhénanie-Palatinat. En 1972, il est élu président du syndicat des anciens combattants de la résistance allemande (« Interessengemeinschaft ehemaliger deutscher Widerstandskämpfer in den vom Faschismus okkupierten Ländern » ou IEDW).
↑ abcde et f(de) « NIEBERGALL, OTTO », sur bundesstiftung-aufarbeitung.de (consulté le ).
↑Cécile Denis, Continuités et divergences dans la presse clandestine de résistants allemands et autrichiens en France pendant la Seconde Guerre mondiale : KPD, KPÖ, Revolutionäre Kommunisten et trotskystes, (thèse de doctorat réalisée sous la direction d’Hélène Camarade, soutenue publiquement le 10 décembre 2018 à l’université Bordeaux-Montaigne) (lire en ligne)