L'opération a pour but d'ouvrir la route de Gardêz à Khost qui est bloquée par les moudjahidines depuis plusieurs mois, afin de casser le siège de la ville et d'apporter des vivres à la population et des armes aux troupes locales. Deux divisions de la 40e armée et des unités parachutistes soviétiques y participent.
Les moudjahidines commandés par Djalâlouddine Haqqani sont défaits et la ville est « sauvée » dans une victoire soviétique majeure.
L'opération Magistral a été un succès pour l'armée soviétique, mais a été menée trop tard pour qu'elle puisse avoir un effet durable sur le cours de la guerre.
En , à la suite de la signature des accords de Genève, l'Union soviétique retire ses troupes d'Afghanistan.