Non conservé par le Crédit agricole, Vogondy s'engage pour la saison 2007 dans l'équipe continentale Agritubel[4]. Initialement engagé pour un an[4], il reste finalement trois ans dans l'équipe, jusqu'à l'arrêt de celle-ci[5]. Cette équipe, évoluant en Continentale Pro, Vogondy n'est plus assuré de disputer les courses de niveau ProTour et doit donc se consacrer à un calendrier plus national[4]. Pour sa première saison dans l'équipe, il se met en évidence en gagnant une étape du Rhône-Alpes Isère Tour ainsi qu'une étape et le classement final des Boucles de la Mayenne.
Nicolas Vogondy obtient plusieurs places d'honneur pendant le mois d'avril. Quatrième de la Route Adélie de Vitré le 1er avril, Il est aussi sixième du Circuit de la Sarthe le 8 puis il obtient la même place sur le Tour du Finistère huit jours plus tard[18],[1]. Détenteur du meilleur temps du prologue des Boucles de la Mayenne réalisé en 5 min 43 en 2008, il échoue en 2011 à la troisième place, battu par le Français Sébastien Turgot de l'équipe Europcar. Ses résultats étant moins notables, Vogondy ne participe pas au Tour de France[1]. Il apprend en août qu'il est atteint d'une toxoplasmose depuis le mois de mai[19]. Non prévu initialement au départ du Tour d'Espagne en raison de sa maladie[19], il est aligné à cause d'une erreur administrative de son équipe[1]. Il abandonne pendant la sixième étape et met un terme à sa saison pour se consacrer à sa guérison[1].
En préparation pour la saison 2012, il se fracture une côte[1].
2013 : Accent Jobs-Wanty
L'équipe Cofidis n'ayant pas renouvelé son contrat, Vogondy signe pour un an avec la formation belge Accent Jobs-Wanty. Son contrat n'étant pas prolongé, Vogondy annonce la fin de sa carrière professionnelle au mois de novembre[20].
2014 : retour chez les amateurs et retraite cycliste
Dans la foulée de l'annonce de son retrait du professionnalisme, Nicolas Vogondy rejoint l'équipe amateur Pro Immo Nicolas Roux, qui évolue en première division française et qui a comme directeur sportif son beau-père[21]. Il remporte la seconde étape disputée en contre-la-montre par équipes du Tour du Jura et le Tour du Canton des Aix d'Angillon sous ses nouvelles couleurs.
Au mois d'octobre, il dispute sa dernière course cycliste lors du Grand Prix des Foires d'Orval, à Saint-Amand-Montrond dans le Cher[22].
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