Rapin, effectua un passage éclair au barreau de Paris vers 1561, puis revint à Fontenay-le-Comte, entre 1562 et 1585. Il y épouse Marie Poitier le . Jusqu'en 1568, il se consacre à son activité d'avocat et à la gestion de ses biens.
Il est maire de sa ville, en 1569, quand, à cette date, la cité fut enlevée par les protestants. Rapin ne fut pas compris dans les personnalités graciées. Il s'évada, et ne quitta plus guère les armes. Il se fit remarquer au cours du siège de Poitiers par les huguenots, composa une élégie aux morts catholiques et gagna ainsi l'estime du roi Charles IX. Le , le roi le fit assesseur à Fontenay. Le titulaire protestant de l'office dont l'a pourvu Charles IX protesta. Rapin se rapproche pendant ce temps des milieux littéraires parisiens. Il publie en 1575les Plaisirs du Gentilhomme champestre dédiés à Guy du Faur de Pibrac. Le succès de son poème lui vaut d'être en 1576, pourvu de l'office de vice-sénéchal de Bas-Poitou. Ce juge botté, résidant à Fontenay ou à Niort, est alors d'une extrême sévérité contre les brigands, les déserteurs et les huguenots. Alors qu'il rime avec " La Puce de Madame des Roches", il menace vers la même époque Françoise de Rohan, car elle abrite sur ses terres des amis Protestants.
Après son exécution des arrêts criminels des Grands Jours de Poitiers en 1579, il est appelé à Paris. Il se lie à Jacques-Auguste de Thou, renforce son pouvoir, se lie au président Harley. Enfin, grâce à la protection de ce dernier, il est nommé en 1586 lieutenant de robe courte et grand prévôt de la connétablie. Il vend sa charge de sénéchal à Jean Tiraqueau.
Rapin soutien royal
Aux États généraux de Blois, il défend avec vigueur la royauté. Tout en se mêlant à la vie littéraire lors des funérailles de Ronsard ou par sa paraphrase des "Sept Pseaumes Pénitentiels", ou encore sa traduction des "Remédia amoris". Rapin s'oppose à la Ligue, par la plume, en dressant l'épitaphe du duc de Joyeuse et par ses poèmes sur les victoires de l'armée royale. Lors de la journée des barricades, jugé trop timide par le parti des seize, il est contraint de fuir et rallie le camp d'Henri III. Prévôt de l'armée du Poitou, commandée par le duc de Nevers en 1589, prévôt général des bandes, ou de la Connétablie et Maréchaussée de France, il fait partie de ceux qui, avec Jacques-Auguste de Thou réclame à Henri de Navarre de venir au secours d'Henri III. Après l'assassinat de ce roi, Rapin combat à Arques. Son ascension se fait sur les champs de bataille, à Ivry, ce qui lui vaut d'être anobli en octobre 1590. Chargé de missions de confiance comme la levée d'impôts arriérés, il est nommé Prévôt général en 1594.
Après l'attentat de Jean Châtel, il mène une lutte sans merci contre les Jésuites. On le retrouve à Pougues (en 1598) où il soigne sa gravelle, en Savoie, où il rend visite à Théodore de Bèze et enfin chargé du maintien de l'ordre pendant l'exécution du maréchal de Biron (le ). Son activité se rapproche de celle d'un agent de la police politique (alors que sa carrière poétique se poursuit et qu'il fait école avec son neveu Hilaire Cailler, Salomon Certon[3], Odet de La Noue, Jacques Gillot, d'Aubigné...)
Une sage retraite
Parvenu à un âge où les combats le lassaient, Rapin résigne son office le . Il prend sa retraite à Fontenay, dans un petit château, le Château de Terre Neuve, bâti pour lui en 1580, où il reçoit ses amis, dont Sully (en 1604). Il y apprend le grec[4], compose des pièces de circonstance, s'adonne à des divertissements littéraires. À la fin de l'année 1607, l'hiver le surprend à Poitiers. Il rédige son Testament le , et meurt le .
Charles d'Esprisse[5] affirme dans ses Mémoires de plusieurs choses considérables avenues en France, avec quelque récit touchant les affaires des pays voisins, depuis le commencement de l'année 1607, où finit l'histoire de Jacques Auguste de Thou, publiés en 1634 chez Thomas Blaise, que Nicolas Rapin mourut le des suites du froid qu'il avoit souffert pendant un voyage de Poitiers à Paris.
Le père Garasse, jésuite qui le confessa ce jour-là, avec le père Jacques de Moussi, donna ultérieurement un récit détaillé de ses derniers instants[6]. Selon son rapport, Rapin vécut l'espace de « soixante-quatorze ans avec un assez grand libertinage, le reconnut mais confessa que jamais il n'avait été Huguenot, ni incertain dans sa croyance, quoiqu'il eût vécu familièrement parmi eux. Il ajouta qu'il avait grandement haï les jésuites mais qu'il avait tout fait pour empêcher que l'athéisme ne s'enseignât publiquement dans Paris arguant pour cela qu'il avait fait pendre un des marchands familier de la Pléiade semant parmi les poètes de très méchantes et abominables maximes contre la divinité...
Le dernier récit de ce père Jésuite ressemble à une fabulation.
Il a laissé en outre deux livres d'épigrammes latines, des odes, stances, sonnets, épîtres, et a chanté les Plaisirs du gentilhomme champêtre, son seul ouvrage qui a traversé le temps[7].
O inconstante mer, et ô sablon moqueur
Je ne veux plus graver ce chiffre qu'en mon cœur
Où la mer ny la mort ne sçauroient faire outrage.
